对东喜马拉雅地区（包括西藏东部、云南北部和四川西部）的木材腐朽菌，特别是是孔状木生真菌进行了系统研究，对主要类群进行了分子系统学研究。对该地区的28个自然保护区、森林公园和风景区等进行了野外考察，共采集标本1688号，分离菌株165株。研究了保藏在中国科学院沈阳应用生态研究所生物标本馆（IFP）和中国科学院微生物研究所真菌标本馆（HMAS）中采自东喜马拉雅地区的木材腐朽菌标本。通过对上述标本的系统鉴定研究，使东喜马拉雅地区已知的木材腐朽菌由项目开展前的418种增加到522种。其中53种能够造成树木病害，64种具有药用价值。研究还发现东喜马拉雅及其相邻地区孔状木材腐朽菌新种22个。对中国著名真菌灵芝的名称进行了订正，过去国内一直认为药用真菌灵芝的拉丁名称为Ganoderma lucidum (Curtis.) P. Karst.，即与欧洲的灵芝为同一种，通过分子系统学的研究，发现国内广泛栽培和应用的灵芝为一未发表的种类，定名为Ganoderma lingzhi Sheng H. Wu, Y.C. Dai & Y. Cao。此外，对我国林木病原腐朽菌进行了系统总结，在我国危害活立木的木腐菌共有152 种，其中49 种（占总数的34%）在中国首次报道为林木病原菌；135种（占总数的89%）造成木材白色腐朽，17 种导致褐色腐朽；67种为常见种，33种为偶见种，52种为少见种。