本研究对来自老芒麦和垂穗披碱草种质资源进行了形态、分子标记水平上的遗传结构分析和标记-性状关联分析。主要研究结果如下：（1）在阿坝州连续进行两年的观测，获得90份老芒麦野生种质的13个形态和农艺学性状的基本数据,揭示各种质间的生物多样性。筛选出雅江老芒麦新品系，有望登记新品种。（2）利用APAGE的醇溶蛋白标记,对来自亚洲的86份老芒麦种质的遗传多样性和遗传关系进行了分析。基于多样性指数计算了地理类群遗传分化程度,类群间和群内的遗传变异分别占总变异的55.9%和442%。青藏高原的种质与其它地理来源的种质具有较大的差异。（3）利用SRAP标记,对来自亚洲的90份老芒麦种质的遗传多样性和遗传关系进行了分析。聚类分析表明,供试种质可以划分成2大类。AMOVA表明在总的遗传变异中有73%发生在地理类群内,有27%发生在类群间。青藏高原类群明显区别于其它地理类群，这可能依赖于种质地理来源赋予其的特殊生态地理适应性。分子标记位点间存在连锁不平衡，群体结构分析表明SRAP标记可将90份材料划分成3组遗传背景。在关联分析时将k=3时各个个体相应的Q值作为协变量，进行目标性状的表型变异对SRAP 和SSR标记变异的回归分析，寻找与性状相关联的标记。21个位点与6个表型性状变异相关联（p<0.01）。正在联合AFLP和SRAP标记的数据，进行整合分析。（4）青藏高原东南部的8个老芒麦的遗传结构进行了分析和评价。基于Nei氏基因多样性、Shannon指数和贝叶斯方法的群体分化系数分别为32.0%、33.7%和33.5%。AMOVA分析表明居群内遗传达到总变异的59.9%,而居群间变异仅有40.1%,。（5）利用SSR引物对50份青藏高原东部地区的垂穗披碱草种质进行了遗传多样性分析，遗传距离与地理距离的相关性较低 (r=0.121)。峡谷河流可能充当了种子和花粉流的障碍。中等海拔的种质材料具有最高的遗传多样性。（6）青藏高原短芒披碱草种群的保护遗传学研究 采用巢式方差分析和SSR标记分析了7个群体的遗传多样性，AMOVA分析得出的比例是47.75%；种群间的遗传距离为0.279 ~ 0.659，平均为0.358。（7）受本项目资助，已经发表论文4篇，其中SCI论文3篇，CSCD核心论文1篇。培养研究生4名，博士生1名。