亚洲栽培稻的起源与驯化一直是水稻科学界和进化基因组学的研究热点。近来，大量研究发现，驯化可能影响到整个水稻基因组，但目前仅有少量驯化相关基因（含蛋白编码基因和调控性MIRNA基因）被鉴定。本项目以水稻基因组重测序SNP数据及前体MIRNA序列为研究对象，采用群体遗传学、进化生物学、生物信息学和分子生物学等多学科理论、技术与方法，首次在全基因组水平上对水稻中与驯化相关的MIRNA基因（DR-MIRNA）进行了大规模鉴定与分析。结果表明，水稻591个前体MIRNA中，364个含有SNPs。这些SNP可导致232和99个MIRNA的二级结构变得不稳定或更加稳定，并使其靶基因谱发生显著改变；190个MIRNA基因在栽培稻中呈现非中性进化模式，其中29个位点具有明显正向选择信号，表明它们在进化过程中应受到很强自然/人工选择压力；有趣的是，部分MIRNA与其特定的靶基因可能会共同成为人工选择的靶标位点；29个DR-MIRNA候选基因中，有18和11个分别位于基因间隔区和内含子，其中5个位于由全基因组复制产生的染色体片段区域内；DR-MIRNAs的靶基因富有“结合”和“催化活性”作用，主要参与到细胞过程和代谢等生物过程；获得了3个DR-MIRNAs（MIR821b、MIR821c和MIR1436）及其靶基因（LOC_Os12g16350.1、LOC_Os03g63370.1和LOC_Os12g16350.13）的过表达转基因植株，并对pre-MIR821b的3个SNP位点分别进行了定点突变。在上述研究结果的基础上，我们进一步明确了，MIRNA基因与蛋白编码基因一样，它们应在水稻驯化过程中发挥着重要的推动作用。这项工作的完成，不仅为水稻品种改良或分子育种提供了重要的靶基因资源和理论依据，而且加深了我们在基因组水平上对MIRNA及其靶基因与水稻驯化的关系，这对于进一步深入揭示亚洲栽培稻的驯化过程和机制具有重要意义。本项工作历时三年，共发表SCI论文4篇，正投稿SCI论文1篇，在着手准备SCI论文2篇；获浙江省自然科学学术奖三等奖1项；培养硕士生2人，本科生2人；指导校级大学生科研创新项目2个，按预期完成了既定工作目标。