本研究对太湖藻型湖区梅梁湾和草型湖区东太湖进行了野外调查和室内实验两部分研究工作。.通过野外调查发现两个湖区底泥的理化因子差异显著（所有图P<0.05）。总体来说，两个湖区的各理化指标均随着深度下降。藻区有更高的TOC, TN, TP 和 Chl a浓度，并有更快的下降趋势。因此两个湖区在9-10cm时，各理化因子趋近相似。这可能与深层底泥中，易分解碳源已经消耗光，剩下部分大致相同有关。通由PLFA计算微生物总生物量为草区8.13 μg/g 到 2.14 μg/g 之间和藻区 28.94 μg/g 到 4.91 μg/g随深度变化。多样性指数显示，草型湖区表层PLFA种类更丰富，而藻区在深层底泥中有更高的PLFA多样性。PLFA f3、f5组分主要存在于草区之中，而在藻区之中含量较小。TOC、TP、TN、叶绿素等理化因子的差别造成了两个湖区之间的样品差异以及藻区各层微生物种类的差异；pH是造成草区各层底泥样品差异的主要原因。.而室内实验又分为两部分内容：.1..藻型湖区不同浓度蓝藻碳源添加.通过454测序得到不同浓度蓝藻碳源添加对底栖细菌群落的影响。结果表明，低浓度蓝藻对于底栖细菌的影响不大，高浓度蓝藻碎屑仅表面2个cm的样品微生物种群大幅度改变。即，藻区底栖细菌对蓝藻的适应性可能有一定的浓度范围。.2..草型/藻型湖区碳源交叉添加实验.通过454测序得到不同湖区底栖细菌对不同碳源添加的响应。结果表明，S1区样品与S2区样品有明显分界线。草区样品对照及添加样品的相似度更高。即草型湖区的微生物样品在面临外界碳源压力时表现出更好的稳定性。S2区添加蓝藻碳源的样品变化度要小于添加苦草碳源的，即藻型湖区底栖细菌在长期蓝藻碳源驯化中，可能表现出对蓝藻碳源有更高的适应性。