Biomolecule and Bioentity Interaction Databases in Systems Biology: A Comprehensive Review.
Biomolecule and Bioentity Interaction Databases in Systems Biology: A Comprehensive Review.
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系统生物学中的生物分子和生物实体相互作用数据库：综合评论。
DOI：
10.3390/biom11081245
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发表时间：
2021-08-20
期刊：
影响因子：
5.5
通讯作者：
Pavlopoulos GA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Baltoumas FA;Zafeiropoulou S;Karatzas E;Koutrouli M;Thanati F;Voutsadaki K;Gkonta M;Hotova J;Kasionis I;Hatzis P;Pavlopoulos GA
高通量技术的技术进步导致了复杂生物数据集的巨大增长，为各种生物分子相互作用提供了证据。为了应对这种数据洪流，已经实现了计算方法、web服务和数据库来处理诸如数据集成、可视化、探索、组织、可伸缩性和复杂性等问题。然而，随着这样的集合数量的增加，最终用户越来越难以知道每个存储库的范围和重点是什么，以及它们之间的信息有多冗余。一些存储库具有更广泛的范围，而其他存储库则侧重于专门的方面，例如特定的生物体或生物系统。不幸的是，这些数据库中有许多是自包含的，或者文档编制和维护都很差。为了更清楚地了解，在本文中，我们提供了一个全面的分类，比较和评价这些库不同的生物实体相互作用类型。我们根据其内容、信息源、数据表示方法、用户友好性、范围和互连性讨论了大多数公共可用服务，并对其优缺点进行了评论。我们的目标是这篇综述达到广泛的读者群，从生物医学初学者到专家，并作为网络生物学领域的参考文章。
Technological advances in high-throughput techniques have resulted in tremendous growth of complex biological datasets providing evidence regarding various biomolecular interactions. To cope with this data flood, computational approaches, web services, and databases have been implemented to deal with issues such as data integration, visualization, exploration, organization, scalability, and complexity. Nevertheless, as the number of such sets increases, it is becoming more and more difficult for an end user to know what the scope and focus of each repository is and how redundant the information between them is. Several repositories have a more general scope, while others focus on specialized aspects, such as specific organisms or biological systems. Unfortunately, many of these databases are self-contained or poorly documented and maintained. For a clearer view, in this article we provide a comprehensive categorization, comparison and evaluation of such repositories for different bioentity interaction types. We discuss most of the publicly available services based on their content, sources of information, data representation methods, user-friendliness, scope and interconnectivity, and we comment on their strengths and weaknesses. We aim for this review to reach a broad readership varying from biomedical beginners to experts and serve as a reference article in the field of Network Biology.
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影响因子：
4.9
作者：
Aoki Y;Okamura Y;Ohta H;Kinoshita K;Obayashi T
通讯作者：
Obayashi T
影响因子：
4.4
作者：
Apostolakou, Avgi E.;Baltoumas, Fotis A.;Iconomidou, Vassiliki A.
通讯作者：
Iconomidou, Vassiliki A.
DOI：
10.1093/database/baw103
发表时间：
2016-07-03
影响因子：
5.8
作者：
Ammari, Mais G.;Gresham, Cathy R.;Nanduri, Bindu
通讯作者：
Nanduri, Bindu
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp101
发表时间：
2009-04-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Bindea G;Mlecnik B;Hackl H;Charoentong P;Tosolini M;Kirilovsky A;Fridman WH;Pagès F;Trajanoski Z;Galon J
通讯作者：
Galon J
DOI：
10.1038/ejhg.2013.274
发表时间：
2014-07
期刊：
European journal of human genetics : EJHG
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--