Evidence for widespread GC-biased gene conversion in eukaryotes.
Evidence for widespread GC-biased gene conversion in eukaryotes.
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DOI：
10.1093/gbe/evs052
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发表时间：
2012
影响因子：
3.3
通讯作者：
Marais GA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pessia E;Popa A;Mousset S;Rezvoy C;Duret L;Marais GA
GC偏性基因转换（gBGC）是一种随着进化时间的推移倾向于增加重组DNA中GC含量的过程，被认为可以解释哺乳动物和酵母中GC含量的进化。这两组之外的gBGC证据正在增加，但仍然有限。在这里，我们分析了36个完全测序的基因组，代表了真核生物中五个主要类群中的四个（Unikonts，Excavates，Chromalveolates和Plantae）。通过直接比较重组数据可用的物种（即一半）中的GC含量和重组率来研究gBGC。为了研究我们数据集的所有物种，我们使用染色体大小作为重组率的代表，并将其与GC含量进行比较。在GC含量与染色体大小显著相关的17个物种中，有15个与gBGC模型的预测一致。重要的是，在所研究的所有四个主要真核生物群中发现了显示与gBGC一致的模式的物种，这表明gBGC可能在真核生物中广泛存在。
GC-biased gene conversion (gBGC) is a process that tends to increase the GC content of recombining DNA over evolutionary time and is thought to explain the evolution of GC content in mammals and yeasts. Evidence for gBGC outside these two groups is growing but is still limited. Here, we analyzed 36 completely sequenced genomes representing four of the five major groups in eukaryotes (Unikonts, Excavates, Chromalveolates and Plantae). gBGC was investigated by directly comparing GC content and recombination rates in species where recombination data are available, that is, half of them. To study all species of our dataset, we used chromosome size as a proxy for recombination rate and compared it with GC content. Among the 17 species showing a significant relationship between GC content and chromosome size, 15 are consistent with the predictions of the gBGC model. Importantly, the species showing a pattern consistent with gBGC are found in all the four major groups of eukaryotes studied, which suggests that gBGC may be widespread in eukaryotes.
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