The pepATTRACT web server for blind, large-scale peptide-protein docking.
The pepATTRACT web server for blind, large-scale peptide-protein docking.
复制标题
盲人，大规模肽 - 蛋白质对接的捕获Web服务器。
DOI：
10.1093/nar/gkx335
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发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Tuffery P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
de Vries SJ;Rey J;Schindler CEM;Zacharias M;Tuffery P
多肽-蛋白质相互作用在细胞中普遍存在，是相互作用组的重要组成部分。计算对接方法可以补充这些复合体的实验表征，但目前的协议不适用于蛋白质组规模。PepATTRACT是一种新型的完全盲的对接协议，即它不需要任何关于结合位点的信息。在其发展的不同阶段，PepATTRACT参与了CAPRI，成功地预测了七个蛋白质肽目标中的五个。它的性能与需要绑定站点信息的最先进的本地对接协议相似或更好。在这里，我们提出了一种新的Web服务器，它实现了PepATTRACT的刚体阶段。在PeptiDB基准测试中，Web服务器在34%的情况下生成了前50名中的正确模型。与完整的PepATTRACT协议相比，这会导致一些性能损失，但计算时间从∼18h减少到∼10min。再加上它是完全盲目的，这使得该Web服务器非常适合大规模的蛋白质-多肽对接实验。Rigid-Body PepATTRACT服务器可在http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/pepATTRACT.免费获得
Peptide–protein interactions are ubiquitous in the cell and form an important part of the interactome. Computational docking methods can complement experimental characterization of these complexes, but current protocols are not applicable on the proteome scale. pepATTRACT is a novel docking protocol that is fully blind, i.e. it does not require any information about the binding site. In various stages of its development, pepATTRACT has participated in CAPRI, making successful predictions for five out of seven protein–peptide targets. Its performance is similar or better than state-of-the-art local docking protocols that do require binding site information. Here we present a novel web server that carries out the rigid-body stage of pepATTRACT. On the peptiDB benchmark, the web server generates a correct model in the top 50 in 34% of the cases. Compared to the full pepATTRACT protocol, this leads to some loss of performance, but the computation time is reduced from ∼18 h to ∼10 min. Combined with the fact that it is fully blind, this makes the web server well-suited for large-scale in silico protein–peptide docking experiments. The rigid-body pepATTRACT server is freely available at http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/pepATTRACT.
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