GalaxyPepDock: a protein-peptide docking tool based on interaction similarity and energy optimization.
GalaxyPepDock: a protein-peptide docking tool based on interaction similarity and energy optimization.
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DOI：
10.1093/nar/gkv495
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发表时间：
2015-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Seok C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee H;Heo L;Lee MS;Seok C
蛋白质-肽相互作用涉及广泛的生物过程，并且由于其小的界面而成为用于治疗目的的有吸引力的靶标。因此，有效的蛋白质-肽对接技术可以通过实现对蛋白质相互作用的原子水平理解来为潜在的治疗应用提供基础。随着蛋白质数据库中蛋白质-肽结构的不断增加，利用数据库提供的信息可以提高蛋白质-肽对接的预测精度。GalaxyPepDock网络服务器可在http：//galaxy.seoklab.org/pepdock上免费访问，通过从实验确定的结构数据库中查找模板并使用允许结构灵活性的基于能量的优化构建模型来执行基于相似性的对接。因此，服务器可以有效地模拟模板和目标蛋白质-肽复合物之间的结构差异。GalaxyPepDock的性能是优于其他目前可用的Web服务器的性能上级时，测试PeptiDB集和最近发布的复杂结构。当在卡普里目标67上进行测试时，GalaxyPepDock生成的模型比卡普里盲预测实验期间提交的最佳服务器模型更准确。
Protein–peptide interactions are involved in a wide range of biological processes and are attractive targets for therapeutic purposes because of their small interfaces. Therefore, effective protein–peptide docking techniques can provide the basis for potential therapeutic applications by enabling an atomic-level understanding of protein interactions. With the increasing number of protein–peptide structures deposited in the protein data bank, the prediction accuracy of protein-peptide docking can be enhanced by utilizing the information provided by the database. The GalaxyPepDock web server, which is freely accessible at http://galaxy.seoklab.org/pepdock, performs similarity-based docking by finding templates from the database of experimentally determined structures and building models using energy-based optimization that allows for structural flexibility. The server can therefore effectively model the structural differences between the template and target protein–peptide complexes. The performance of GalaxyPepDock is superior to those of the other currently available web servers when tested on the PeptiDB set and on recently released complex structures. When tested on the CAPRI target 67, GalaxyPepDock generates models that are more accurate than the best server models submitted during the CAPRI blind prediction experiment.
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DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
时空信号传导：蛋白质聚集在一起以及它们分开的位置。
DOI：
10.1126/science.1175668
发表时间：
2009-11-27
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Scott JD;Pawson T
通讯作者：
Pawson T
影响因子：
4.3
作者：
MacLaine, Nicola J.;Hupp, Ted R.
通讯作者：
Hupp, Ted R.
影响因子：
2.9
作者：
Park, Hahnbeom;Seok, Chaok
通讯作者：
Seok, Chaok
影响因子：
3
作者：
Yan, Chengfei;Zou, Xiaoqin
通讯作者：
Zou, Xiaoqin