Coproheme decarboxylases - Phylogenetic prediction versus biochemical experiments.
Coproheme decarboxylases - Phylogenetic prediction versus biochemical experiments.
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DOI：
10.1016/j.abb.2018.01.005
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发表时间：
2018-02-15
影响因子：
3.9
通讯作者：
Hofbauer S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pfanzagl V;Holcik L;Maresch D;Gorgone G;Michlits H;Furtmüller PG;Hofbauer S
粪血红素脱羧酶（ChdCs）是粪卟啉依赖性血红素生物合成途径中负责催化末端步骤的酶。系统发育分析证实，编码ChdCs的基因在整个细菌世界中广泛存在。它存在于单胚层细菌（厚壁菌门，放线菌门），双胚层细菌（e. G. Nitrospietin），也存在于Nitrospietin中。为了测试系统发育预测，表达来自所有分支的ChdC代表，并检查其粪血红素脱羧酶活性。基于可用的生物化学数据和系统发育分析，为ChdC定义了序列基序（-Y-P-M/F-X-K/R-）。我们第一次表明，在diderm细菌的活性粪血红素脱羧酶是存在的，并从硫磺硫化叶菌的古菌ChdC同系物是不活跃的，其生理作用仍然难以捉摸。这显示了酶活性的系统发育预测的局限性，因为所鉴定的序列基序在所有先前定义的进化枝中同样保守。
Coproheme decarboxylases (ChdCs) are enzymes responsible for the catalysis of the terminal step in the coproporphyrin-dependent heme biosynthesis pathway. Phylogenetic analyses confirm that the gene encoding for ChdCs is widespread throughout the bacterial world. It is found in monoderm bacteria (Firmicutes, Actinobacteria), diderm bacteria (e. g. Nitrospirae) and also in Archaea. In order to test phylogenetic prediction ChdC representatives from all clades were expressed and examined for their coproheme decarboxylase activity. Based on available biochemical data and phylogenetic analyses a sequence motif (-Y-P-M/F-X-K/R-) is defined for ChdCs. We show for the first time that in diderm bacteria an active coproheme decarboxylase is present and that the archaeal ChdC homolog from Sulfolobus solfataricus is inactive and its physiological role remains elusive. This shows the limitation of phylogenetic prediction of an enzymatic activity, since the identified sequence motif is equally conserved across all previously defined clades.
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影响因子：
4
作者：
Hofbauer S;Howes BD;Flego N;Pirker KF;Schaffner I;Mlynek G;Djinović-Carugo K;Furtmüller PG;Smulevich G;Obinger C
通讯作者：
Obinger C
影响因子：
48
作者：
Gibson, Daniel G.;Young, Lei;Smith, Hamilton O.
通讯作者：
Smith, Hamilton O.
DOI：
10.1155/2014/327637
发表时间：
2014
期刊：
Archaea (Vancouver, B.C.)
影响因子：
--
作者：
Kühner M;Haufschildt K;Neumann A;Storbeck S;Streif J;Layer G
通讯作者：
Layer G
影响因子：
5.4
作者：
Hofbauer, Stefan;Mlynek, Georg;Obinger, Christian
通讯作者：
Obinger, Christian
影响因子：
4.7
作者：
Hofbauer, Stefan;Schaffner, Irene;Furtmueller, Paul G.;Obinger, Christian
通讯作者：
Obinger, Christian