ParaDock: a flexible non-specific DNA--rigid protein docking algorithm.
ParaDock: a flexible non-specific DNA--rigid protein docking algorithm.
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DOI：
10.1093/nar/gkr620
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发表时间：
2011-11-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wolfson HJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Banitt I;Wolfson HJ
对蛋白质-DNA复合体的准确预测可以为深入理解细胞内的重要过程提供重要的垫脚石。很少有人尝试解决这个问题，主要集中在结合斑块预测、蛋白质功能分类和基于距离约束的对接。介绍了一种新的从头计算蛋白质-DNA对接算法Paradock。Paradock结合了基于几何互补性与蛋白质刚性对接的短DNA片段，创建了任意序列的弯曲平面DNA分子。我们的算法在一个由47个复合体组成的蛋白质-DNA基准的结合和非结合目标上进行了测试。在既不解决蛋白质灵活性，也不应用任何精化程序的情况下，在83%的结合复合体和70%的未结合复合体中，Capri在10个排名最高的假设中获得了可接受的解。无需事先了解脱氧核糖核酸的长度和序列，并且在标准的2.0Ghz单处理器处理器上的每个目标的2 h内，Paradock提供了快速从头开始对接解决方案。
Accurate prediction of protein–DNA complexes could provide an important stepping stone towards a thorough comprehension of vital intracellular processes. Few attempts were made to tackle this issue, focusing on binding patch prediction, protein function classification and distance constraints-based docking. We introduce ParaDock: a novel ab initio protein–DNA docking algorithm. ParaDock combines short DNA fragments, which have been rigidly docked to the protein based on geometric complementarity, to create bent planar DNA molecules of arbitrary sequence. Our algorithm was tested on the bound and unbound targets of a protein–DNA benchmark comprised of 47 complexes. With neither addressing protein flexibility, nor applying any refinement procedure, CAPRI acceptable solutions were obtained among the 10 top ranked hypotheses in 83% of the bound complexes, and 70% of the unbound. Without requiring prior knowledge of DNA length and sequence, and within <2 h per target on a standard 2.0 GHz single processor CPU, ParaDock offers a fast ab initio docking solution.
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DOI：
10.1073/pnas.88.23.10495
发表时间：
1991-12-01
影响因子：
11.1
作者：
NUSSINOV, R;WOLFSON, HJ
通讯作者：
WOLFSON, HJ
影响因子：
14.9
作者：
Jones, S;Shanahan, HP;Thornton, JM
通讯作者：
Thornton, JM
影响因子：
--
作者：
Ohlendorf, D H;Matthew, J B
通讯作者：
Matthew, J B
影响因子：
14.9
作者：
van Dijk M;Bonvin AM
通讯作者：
Bonvin AM
影响因子：
5.6
作者：
Mandel-Gutfreund, Y;Margalit, H;Zhurkin, VB
通讯作者：
Zhurkin, VB