A protein-DNA docking benchmark.
A protein-DNA docking benchmark.
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DOI：
10.1093/nar/gkn386
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发表时间：
2008-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bonvin AM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
van Dijk M;Bonvin AM
我们提出了一个蛋白质-DNA对接基准，包含47个未绑定-未绑定的测试用例，其中13个被归类为容易的，22个中间和12个困难的情况下。后者表现出相当大的结构重排后，复杂的形成。包括DNA特异性修饰，例如翻转碱基和碱基修饰。根据Luscombe等人的分类，该基准涵盖了DNA结合蛋白的所有主要组，除了拉链类型的组。测试用例的多样性使得这个非冗余基准成为比较和开发蛋白质-DNA对接方法的有用工具。该基准可以从互联网上免费下载。
We present a protein–DNA docking benchmark containing 47 unbound–unbound test cases of which 13 are classified as easy, 22 as intermediate and 12 as difficult cases. The latter shows considerable structural rearrangement upon complex formation. DNA-specific modifications such as flipped out bases and base modifications are included. The benchmark covers all major groups of DNA-binding proteins according to the classification of Luscombe et al., except for the zipper-type group. The variety in test cases make this non-redundant benchmark a useful tool for comparison and development of protein–DNA docking methods. The benchmark is freely available as download from the internet.
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影响因子：
2.9
作者：
Janin, Jod
通讯作者：
Janin, Jod
影响因子：
5.7
作者：
Sierk, ML;Kleywegt, GJ
通讯作者：
Kleywegt, GJ
DOI：
10.1107/s0907444998003254
发表时间：
1998-09-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
Brunger, AT;Adams, PD;Warren, GL
通讯作者：
Warren, GL
影响因子：
2.9
作者：
Mintseris, J;Wiehe, K;Weng, ZP
通讯作者：
Weng, ZP
影响因子：
2.9
作者：
Linge, JP;Williams, MA;Nilges, M
通讯作者：
Nilges, M