The Pfam protein families database.
The Pfam protein families database.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkr1065
复制
发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Finn RD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Punta M;Coggill PC;Eberhardt RY;Mistry J;Tate J;Boursnell C;Pang N;Forslund K;Ceric G;Clements J;Heger A;Holm L;Sonnhammer EL;Eddy SR;Bateman A;Finn RD
PFAM是一个广泛使用的蛋白质家族数据库，目前包含了超过13个 ，000个人工管理的蛋白质家族，从26.0版本开始。PFAM可通过英国(http://pfam.sanger.ac.uk/)，)、美国(http://pfam.janelia.org/))和瑞典(http://pfam.sbc.su.se/).)的服务器获得在这里，我们报告自我们的2010年NAR论文(版本24.0)以来发生的变化。在过去的两年 中，我们创建了1,840个新的家庭，并将UniProt知识库(UniProtKB)的覆盖率提高到近80%。值得注意的是，我们已经采取了向维基百科社区开放我们家庭的注释的步骤，将Pfam家庭链接到相关的维基百科页面，并鼓励Pfam和维基百科社区改进和扩展这些页面。我们继续改进Pfam网站，并增加新的可视化，例如，对科的分类分布的‘SunBurst’表示。在这项工作中，我们还讨论了Pfam社区特别感兴趣的两个主题。首先，我们解释了家庭特定的、手动管理的收集阈值的定义和使用。其次，我们讨论了未知函数域(也称为DUF)的一些特征，它们构成了Pfam中迅速增长的一类族。
Pfam is a widely used database of protein families, currently containing more than 13 000 manually curated protein families as of release 26.0. Pfam is available via servers in the UK (http://pfam.sanger.ac.uk/), the USA (http://pfam.janelia.org/) and Sweden (http://pfam.sbc.su.se/). Here, we report on changes that have occurred since our 2010 NAR paper (release 24.0). Over the last 2 years, we have generated 1840 new families and increased coverage of the UniProt Knowledgebase (UniProtKB) to nearly 80%. Notably, we have taken the step of opening up the annotation of our families to the Wikipedia community, by linking Pfam families to relevant Wikipedia pages and encouraging the Pfam and Wikipedia communities to improve and expand those pages. We continue to improve the Pfam website and add new visualizations, such as the ‘sunburst’ representation of taxonomic distribution of families. In this work we additionally address two topics that will be of particular interest to the Pfam community. First, we explain the definition and use of family-specific, manually curated gathering thresholds. Second, we discuss some of the features of domains of unknown function (also known as DUFs), which constitute a rapidly growing class of families within Pfam.
登录
查看更多内容
Pfam：氏族、网络工具和服务。
影响因子：
14.9
作者：
Finn, Robert D.;Mistry, Jaina;Schuster-Bockler, Benjamin;Griffiths-Jones, Sam;Hollich, Volker;Lassmann, Timo;Moxon, Simon;Marshall, Mhairi;Khanna, Ajay;Durbin, Richard;Eddy, Sean R.;Sonnhammer, Erik L. L.;Bateman, Alex
通讯作者：
Bateman, Alex
影响因子：
3.2
作者：
Peleg, A;Shifrin, Y;Rosenshine, I
通讯作者：
Rosenshine, I
DOI：
10.1107/s1744309110001685
发表时间：
2010-10-01
影响因子：
0.9
作者：
Bateman, Alex;Coggill, Penny;Finn, Robert D.
通讯作者：
Finn, Robert D.
影响因子：
2.9
作者：
Sathiyamoorthy, Karthik;Mills, Erez;Saper, Mark A.
通讯作者：
Saper, Mark A.
二维电泳鉴定参与水稻根盐胁迫反应初始阶段的质外体蛋白
影响因子：
7.4
作者：
Zhang, Lei;Tian, Li-Hong;Guo, Yi
通讯作者：
Guo, Yi