Estimating the population abundance of tissue-infiltrating immune and stromal cell populations using gene expression.
Estimating the population abundance of tissue-infiltrating immune and stromal cell populations using gene expression.
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DOI：
10.1186/s13059-016-1070-5
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发表时间：
2016-10-20
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
de Reyniès A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Becht E;Giraldo NA;Lacroix L;Buttard B;Elarouci N;Petitprez F;Selves J;Laurent-Puig P;Sautès-Fridman C;Fridman WH;de Reyniès A
我们介绍了微环境细胞群体计数器(MCP-Counter)方法，它允许从转录数据中稳健地定量不同组织中八个免疫细胞群体和两个基质细胞群体的绝对丰度。我们给出了体外信使核糖核酸混合物和体外免疫组织化学数据，这些数据定量地支持了我们方法估计的有效性。此外，我们还证明了MCP-Counter克服了以前提出的计算方法的一些限制或弱点。MCP-Counter被应用于绘制人类健康组织和非造血性人类肿瘤中免疫渗透的全球图景，并概括了与肺腺癌、结直肠癌和乳腺癌的总体生存率相关的基于微环境的患者分层。本文的在线版本(doi：10.1186/s13059-0161070-5)包含补充材料，授权用户可以使用。
We introduce the Microenvironment Cell Populations-counter (MCP-counter) method, which allows the robust quantification of the absolute abundance of eight immune and two stromal cell populations in heterogeneous tissues from transcriptomic data. We present in vitro mRNA mixture and ex vivo immunohistochemical data that quantitatively support the validity of our method’s estimates. Additionally, we demonstrate that MCP-counter overcomes several limitations or weaknesses of previously proposed computational approaches. MCP-counter is applied to draw a global picture of immune infiltrates across human healthy tissues and non-hematopoietic human tumors and recapitulates microenvironment-based patient stratifications associated with overall survival in lung adenocarcinoma and colorectal and breast cancer. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-016-1070-5) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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DOI：
10.1164/rccm.201309-1611oc
发表时间：
2014-04-01
影响因子：
24.7
作者：
Germain, Claire;Gnjatic, Sacha;Dieu-Nosjean, Marie-Caroline
通讯作者：
Dieu-Nosjean, Marie-Caroline
影响因子：
7
作者：
Shen-Orr SS;Gaujoux R
通讯作者：
Gaujoux R
影响因子：
30.8
作者：
Li, Bo;Li, Taiwen;Liu, X. Shirley
通讯作者：
Liu, X. Shirley
影响因子：
15.9
作者：
JAFFE, EA;NACHMAN, RL;MINICK, CR
通讯作者：
MINICK, CR
影响因子：
3
作者：
Dalman MR;Deeter A;Nimishakavi G;Duan ZH
通讯作者：
Duan ZH