Optimized detection of transcription factor-binding sites in ChIP-seq experiments.
Optimized detection of transcription factor-binding sites in ChIP-seq experiments.
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DOI：
10.1093/nar/gkr839
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发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Aittokallio T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Elo LL;Kallio A;Laajala TD;Hawkins RD;Korpelainen E;Aittokallio T
我们开发了一种计算程序，用于优化给定ChIP-seq实验中的结合位点检测，方法是在Bootstrap抽样下最大限度地提高其重现性。我们演示了该程序如何提高检测精度，超出了流行的峰值调用软件的默认设置，或通知用户峰值检测结果是否受到影响，规避了在不同参数设置下任意重新迭代峰值调用的需要。通用的，开源的实现是很容易扩展，以适应额外的功能，并促进其在未来的ChIP-seq研究的广泛应用。peakROTS R软件包和用户指南可在http://www.nic.funet.fi/pub/sci/molbio/peakROTS上免费获得。
We developed a computational procedure for optimizing the binding site detections in a given ChIP-seq experiment by maximizing their reproducibility under bootstrap sampling. We demonstrate how the procedure can improve the detection accuracies beyond those obtained with the default settings of popular peak calling software, or inform the user whether the peak detection results are compromised, circumventing the need for arbitrary re-iterative peak calling under varying parameter settings. The generic, open-source implementation is easily extendable to accommodate additional features and to promote its widespread application in future ChIP-seq studies. The peakROTS R-package and user guide are freely available at http://www.nic.funet.fi/pub/sci/molbio/peakROTS.
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影响因子：
14.9
作者：
Tuteja G;White P;Schug J;Kaestner KH
通讯作者：
Kaestner KH
影响因子：
46.9
作者：
Ji, Hongkai;Jiang, Hui;Ma, Wenxiu;Johnson, David S.;Myers, Richard M.;Wong, Wing H.
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Wong, Wing H.
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作者：
Mortazavi, Ali;Thompson, Evonne Chen Leeper;Wold, Barbara
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作者：
Elo, Laura L.;Jarvenpaa, Henna;Lahesmaa, Riitta
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Lahesmaa, Riitta
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作者：
Pepke, Shirley;Wold, Barbara;Mortazavi, Ali
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Mortazavi, Ali