Annotating genomes with massive-scale RNA sequencing.
Annotating genomes with massive-scale RNA sequencing.
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DOI：
10.1186/gb-2008-9-12-r175
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发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Artiguenave F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Denoeud F;Aury JM;Da Silva C;Noel B;Rogier O;Delledonne M;Morgante M;Valle G;Wincker P;Scarpelli C;Jaillon O;Artiguenave F
使用高通量cDNA测序数据进行从头基因组注释的方法。下一代技术能够实现大规模的cDNA测序（所谓的RNA-Seq）。主要是因为在外显子-外显子连接点上比对短读段的困难，迄今为止还没有尝试使用RNA-Seq从头构建基因模型，即在不存在一组已知基因和/或剪接事件的情况下。我们提出了G-Mo.R-Se（使用RNA-Seq的基因建模），这是一种旨在直接从RNA-Seq构建基因模型的方法，并证明了其在葡萄藤基因组上的实用性。
A method for de novo genome annotation using high-throughput cDNA sequencing data. Next generation technologies enable massive-scale cDNA sequencing (so-called RNA-Seq). Mainly because of the difficulty of aligning short reads on exon-exon junctions, no attempts have been made so far to use RNA-Seq for building gene models de novo, that is, in the absence of a set of known genes and/or splicing events. We present G-Mo.R-Se (Gene Modelling using RNA-Seq), an approach aimed at building gene models directly from RNA-Seq and demonstrate its utility on the grapevine genome.
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