From expression cloning to gene modeling: the development of Xenopus gene sequence resources.
From expression cloning to gene modeling: the development of Xenopus gene sequence resources.
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DOI：
10.1002/dvg.22008
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发表时间：
2012-03
期刊：
影响因子：
1.5
通讯作者：
Gilchrist, Michael J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gilchrist, Michael J.
在过去的10-12年里，非洲爪蟾群落已经做出了协调一致的努力，系统地改善了这种两栖动物模式生物的可用序列信息，非常适合研究脊椎动物的早期发育。本文综述了蛋白质编码基因的序列数据收集和物理克隆试剂的研究进展。我的结论是，我们有大约50%的cDNA序列和全长克隆约35%的基因在非洲爪蟾热带，和类似的数字，但一个较小的比例非洲爪蟾。此外，我表明，在当前的基因组组装的差距创造的基因序列的计算阐明的问题，并提出了一些方法来改善这种影响。创世纪50：143-154，2012。© 2012 Wiley Periodicals，Inc.
The Xenopus community has made concerted efforts over the last 10–12 years systematically to improve the available sequence information for this amphibian model organism ideally suited to the study of early development in vertebrates. Here I review progress in the collection of both sequence data and physical clone reagents for protein coding genes. I conclude that we have cDNA sequences for around 50% and full-length clones for about 35% of the genes in Xenopus tropicalis, and similar numbers but a smaller proportion for Xenopus laevis. In addition, I demonstrate that the gaps in the current genome assembly create problems for the computational elucidation of gene sequences, and suggest some ways to ameliorate the effects of this. genesis 50:143–154, 2012. © 2012 Wiley Periodicals, Inc.
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影响因子：
2.6
作者：
Qiu, Rong;Liu, Kaili;Liu, Ying;Mo, Weichuan;Flynt, Alex S.;Patton, James G.;Kar, Amar;Wu, Jane Y.;He, Rongqiao
通讯作者：
He, Rongqiao
影响因子：
11.4
作者：
Harland, Richard M.;Grainger, Robert M.
通讯作者：
Grainger, Robert M.
DOI：
10.1007/978-1-60327-241-4_16
发表时间：
2010-01-01
期刊：
DATA MINING TECHNIQUES FOR THE LIFE SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Picardi, Ernesto;Pesole, Graziano
通讯作者：
Pesole, Graziano
影响因子：
2.6
作者：
Chalmers, AD;Goldstone, K;Papalopulu, N
通讯作者：
Papalopulu, N
影响因子：
14.9
作者：
Bowes JB;Snyder KA;Segerdell E;Gibb R;Jarabek C;Noumen E;Pollet N;Vize PD
通讯作者：
Vize PD