RA3 is a reference-guided approach for epigenetic characterization of single cells.
RA3 is a reference-guided approach for epigenetic characterization of single cells.
复制标题
RA3 是一种用于单细胞表观遗传表征的参考指导方法
DOI：
10.1038/s41467-021-22495-4
复制
发表时间：
2021-04-12
影响因子：
16.6
通讯作者：
Lin Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen S;Yan G;Zhang W;Li J;Jiang R;Lin Z
单细胞技术的最新进展，包括单细胞染色质可及性测序（scCAS），已经能够对数千个单个细胞的表观遗传图谱进行分析。然而，scCAS数据的特点，包括高维度、高度稀疏性和高技术变异性，使得计算分析具有挑战性。参考引导方法利用现有数据集中的信息，可能有助于scCAS数据的分析。在此，我们介绍RA3（单细胞染色质可及性数据分析的参考引导方法），它利用大量现有的整体染色质可及性数据和有注释的scCAS数据中的信息。RA3同时对以下两点进行建模：（1）scCAS数据和参考数据之间共享的生物学变异，以及（2）scCAS数据中识别不同亚群的独特生物学变异。我们表明，当应用于多个scCAS数据集以及使用各种方法构建的参考数据时，RA3取得了优异的性能。总之，这些分析证明了RA3在分析scCAS数据方面的广泛适用性。
用于分析单个细胞之间差异的方法在不断增加。在此，作者提出了一个在单细胞水平分析染色质可及性数据的计算框架，该框架考虑了先前的知识和数据特定的特征。
The recent advancements in single-cell technologies, including single-cell chromatin accessibility sequencing (scCAS), have enabled profiling the epigenetic landscapes for thousands of individual cells. However, the characteristics of scCAS data, including high dimensionality, high degree of sparsity and high technical variation, make the computational analysis challenging. Reference-guided approaches, which utilize the information in existing datasets, may facilitate the analysis of scCAS data. Here, we present RA3 (Reference-guided Approach for the Analysis of single-cell chromatin Accessibility data), which utilizes the information in massive existing bulk chromatin accessibility and annotated scCAS data. RA3 simultaneously models (1) the shared biological variation among scCAS data and the reference data, and (2) the unique biological variation in scCAS data that identifies distinct subpopulations. We show that RA3 achieves superior performance when used on several scCAS datasets, and on references constructed using various approaches. Altogether, these analyses demonstrate the wide applicability of RA3 in analyzing scCAS data.
登录
查看更多内容
RA3 是一种用于单细胞表观遗传表征的参考指导方法
影响因子：
16.6
作者：
Chen S;Yan G;Zhang W;Li J;Jiang R;Lin Z
通讯作者：
Lin Z
影响因子：
64.5
作者：
Davie K;Janssens J;Koldere D;De Waegeneer M;Pech U;Kreft Ł;Aibar S;Makhzami S;Christiaens V;Bravo González-Blas C;Poovathingal S;Hulselmans G;Spanier KI;Moerman T;Vanspauwen B;Geurs S;Voet T;Lammertyn J;Thienpont B;Liu S;Konstantinides N;Fiers M;Verstreken P;Aerts S
通讯作者：
Aerts S
影响因子：
64.5
作者：
Levine JH;Simonds EF;Bendall SC;Davis KL;Amir el-AD;Tadmor MD;Litvin O;Fienberg HG;Jager A;Zunder ER;Finck R;Gedman AL;Radtke I;Downing JR;Pe'er D;Nolan GP
通讯作者：
Nolan GP
单细胞染色质可及性揭示了调节变化的原理。
影响因子：
64.8
作者：
Buenrostro JD;Wu B;Litzenburger UM;Ruff D;Gonzales ML;Snyder MP;Chang HY;Greenleaf WJ
通讯作者：
Greenleaf WJ
影响因子：
13.6
作者：
Karaiskos, Nikos;Rahmatollahi, Mahdieh;Mueller, Roman-Ulrich
通讯作者：
Mueller, Roman-Ulrich