Genome-wide discovery and characterization of maize long non-coding RNAs.
Genome-wide discovery and characterization of maize long non-coding RNAs.
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DOI：
10.1186/gb-2014-15-2-r40
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发表时间：
2014-02-27
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Muehlbauer GJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li L;Eichten SR;Shimizu R;Petsch K;Yeh CT;Wu W;Chettoor AM;Givan SA;Cole RA;Fowler JE;Evans MM;Scanlon MJ;Yu J;Schnable PS;Timmermans MC;Springer NM;Muehlbauer GJ
长链非编码rna （Long non-coding rna, lncRNAs）是长度为200bp或更长的转录本，不编码蛋白质，在真核生物基因调控中可能发挥重要作用。然而，对于玉米中lncrna的数量、特征和表达遗传模式仍知之甚少。通过利用现有的公共EST数据库、玉米全基因组序列注释和来自30个不同实验的RNA-seq数据集，我们确定了20163个假定的lncrna。在这些lncrna中，超过90%被预测为小rna的前体，而1704个被认为是高置信度的lncrna。高置信度lncRNAs的平均转录物长度为463 bp，编码它们的基因比带注释的基因包含更少的外显子。通过分析这些lncrna在13个不同组织和105个玉米重组自交系中的表达模式，我们发现超过50%的高置信度lncrna以组织特异性的方式表达，这一结果得到了表观遗传标记的支持。有趣的是，105个重组自交系lncRNA表达模式的遗传显示出明显的越界分离，玉米lncRNA受顺式遗传因素的影响小于受转基因因素的影响。我们整合了所有可用的转录组学数据集，以鉴定一套全面的玉米lncrna，提供玉米基因组的独特注释资源和玉米lncrna的全基因组特征，并利用表达数量性状位点定位探索其表达的遗传控制。
Long non-coding RNAs (lncRNAs) are transcripts that are 200 bp or longer, do not encode proteins, and potentially play important roles in eukaryotic gene regulation. However, the number, characteristics and expression inheritance pattern of lncRNAs in maize are still largely unknown. By exploiting available public EST databases, maize whole genome sequence annotation and RNA-seq datasets from 30 different experiments, we identified 20,163 putative lncRNAs. Of these lncRNAs, more than 90% are predicted to be the precursors of small RNAs, while 1,704 are considered to be high-confidence lncRNAs. High confidence lncRNAs have an average transcript length of 463 bp and genes encoding them contain fewer exons than annotated genes. By analyzing the expression pattern of these lncRNAs in 13 distinct tissues and 105 maize recombinant inbred lines, we show that more than 50% of the high confidence lncRNAs are expressed in a tissue-specific manner, a result that is supported by epigenetic marks. Intriguingly, the inheritance of lncRNA expression patterns in 105 recombinant inbred lines reveals apparent transgressive segregation, and maize lncRNAs are less affected by cis- than by trans-genetic factors. We integrate all available transcriptomic datasets to identify a comprehensive set of maize lncRNAs, provide a unique annotation resource of the maize genome and a genome-wide characterization of maize lncRNAs, and explore the genetic control of their expression using expression quantitative trait locus mapping.
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影响因子：
64.5
作者：
Huarte M;Guttman M;Feldser D;Garber M;Koziol MJ;Kenzelmann-Broz D;Khalil AM;Zuk O;Amit I;Rabani M;Attardi LD;Regev A;Lander ES;Jacks T;Rinn JL
通讯作者：
Rinn JL
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作者：
Khachane AN;Harrison PM
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Harrison PM
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Kapusta A;Kronenberg Z;Lynch VJ;Zhuo X;Ramsay L;Bourque G;Yandell M;Feschotte C
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Cabili, Moran N.;Trapnell, Cole;Rinn, John L.
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Rinn, John L.