How much does the amphioxus genome represent the ancestor of chordates?
How much does the amphioxus genome represent the ancestor of chordates?
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DOI：
10.1093/bfgp/els003
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发表时间：
2012-03
影响因子：
4
通讯作者：
Robinson-Rechavi M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Louis A;Roest Crollius H;Robinson-Rechavi M
研究文昌鱼的主要动机之一是它有可能了解脊索动物最后的共同祖先，这是脊椎动物的主要起源。这方面的一个重要特征是缓慢的进化速度，这似乎是头索动物谱系的特征，使文昌鱼成为脊索动物祖先的有趣替代品，也是比较研究中的关键谱系。虽然缓慢进化首先在表型水平上被注意到，但它也在基因组水平上被描述。在这里，我们检查文昌鱼基因组是否确实是一个很好的代理脊索动物祖先的基因组，重点是蛋白质编码基因。我们调查基因组特征，如同线性，基因重复和基因丢失，并将文昌鱼基因组与比较研究中使用的其他后口动物，如玻璃海鞘，Oikopleura和海胆。
One of the main motivations to study amphioxus is its potential for understanding the last common ancestor of chordates, which notably gave rise to the vertebrates. An important feature in this respect is the slow evolutionary rate that seems to have characterized the cephalochordate lineage, making amphioxus an interesting proxy for the chordate ancestor, as well as a key lineage to include in comparative studies. Whereas slow evolution was first noticed at the phenotypic level, it has also been described at the genomic level. Here, we examine whether the amphioxus genome is indeed a good proxy for the genome of the chordate ancestor, with a focus on protein-coding genes. We investigate genome features, such as synteny, gene duplication and gene loss, and contrast the amphioxus genome with those of other deuterostomes that are used in comparative studies, such as Ciona, Oikopleura and urchin.
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影响因子：
9.8
作者：
Woolfe A;Goodson M;Goode DK;Snell P;McEwen GK;Vavouri T;Smith SF;North P;Callaway H;Kelly K;Walter K;Abnizova I;Gilks W;Edwards YJ;Cooke JE;Elgar G
通讯作者：
Elgar G
影响因子：
2.9
作者：
Castro, LFC;Hoiianda, PWH
通讯作者：
Hoiianda, PWH
影响因子：
10.7
作者：
Brunet, Frederic G.;Roest Crollius, Hugues;Robinson-Rechavi, Marc
通讯作者：
Robinson-Rechavi, Marc
影响因子：
2.7
作者：
Castro, L. Filipe C.;Rasmussen, Stacy L. K.;Holland, Linda Z.
通讯作者：
Holland, Linda Z.
影响因子：
3.5
作者：
Minguillón, C;Ferrier, DEK;Garcia-Fernàndez, J
通讯作者：
Garcia-Fernàndez, J