PROTOGENE: turning amino acid alignments into bona fide CDS nucleotide alignments.
PROTOGENE: turning amino acid alignments into bona fide CDS nucleotide alignments.
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DOI：
10.1093/nar/gkl170
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Notredame C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Moretti S;Reinier F;Poirot O;Armougom F;Audic S;Keduas V;Notredame C
我们描述Protogene，一个服务器，可以把一个蛋白质多序列比对成原始基因编码DNA的等价比对。Protogene依赖于一个流水线，其中每个初始蛋白质序列都针对RefSeq或NR进行BLAST。与潜在匹配相关的注释用于识别基因序列。然后使用Exonerate将该基因序列与查询蛋白质进行比对，以提取与原始蛋白质匹配的编码核苷酸序列。Protogene可以处理蛋白质片段，并返回给定蛋白质的每个CDS编码，即使它们出现在不同的基因组中。Protogene可从。
We describe Protogene, a server that can turn a protein multiple sequence alignment into the equivalent alignment of the original gene coding DNA. Protogene relies on a pipeline where every initial protein sequence is BLASTed against RefSeq or NR. The annotation associated with potential matches is used to identify the gene sequence. This gene sequence is then aligned with the query protein using Exonerate in order to extract a coding nucleotide sequence matching the original protein. Protogene can handle protein fragments and will return every CDS coding for a given protein, even if they occur in different genomes. Protogene is available from .
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