Phylogenetic Analysis of SARS-CoV-2 Data Is Difficult.
Phylogenetic Analysis of SARS-CoV-2 Data Is Difficult.
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DOI：
10.1093/molbev/msaa314
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发表时间：
2021-05-04
影响因子：
10.7
通讯作者：
Stamatakis A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Morel B;Barbera P;Czech L;Bettisworth B;Hübner L;Lutteropp S;Serdari D;Kostaki EG;Mamais I;Kozlov AM;Pavlidis P;Paraskevis D;Stamatakis A
每天都有许多涉及SARS-CoV-2数据分析某些方面的研究发表，包括nextstrain网站上定期更新的系统发育。在这里，我们通过一个数据快照的例子来回顾推断可靠的系统发育的困难，该数据快照包括2020年5月5日从gisaid.org获得的所有16,453个病毒序列中的8,736个质量过滤子集。我们发现很难根据这些数据推断出可靠的系统发育，因为大量的序列与低数量的突变相结合。我们进一步发现，无论是通过蝙蝠和穿山甲的外群，还是通过对群内系统发育应用新的计算方法，以一定程度的置信度来推断系统发育，似乎都不可信。最后，正如预期的那样，使用mPTP工具将当前序列自动分类为分子物种划分的子类也是不可能的，因为序列之间的关系过于密切。我们认为，尽管应用系统发育方法来解开COVID-19的进化和传播提供了一些见解，但系统发育分析的结果，特别是在当前系统发育推断工具的默认设置下进行的分析，以及对推断出的系统发育的下游分析，应予以极端谨慎的考虑和解释。
Numerous studies covering some aspects of SARS-CoV-2 data analyses are being published on a daily basis, including a regularly updated phylogeny on nextstrain.org. Here, we review the difficulties of inferring reliable phylogenies by example of a data snapshot comprising a quality-filtered subset of 8,736 out of all 16,453 virus sequences available on May 5, 2020 from gisaid.org. We find that it is difficult to infer a reliable phylogeny on these data due to the large number of sequences in conjunction with the low number of mutations. We further find that rooting the inferred phylogeny with some degree of confidence either via the bat and pangolin outgroups or by applying novel computational methods on the ingroup phylogeny does not appear to be credible. Finally, an automatic classification of the current sequences into subclasses using the mPTP tool for molecular species delimitation is also, as might be expected, not possible, as the sequences are too closely related. We conclude that, although the application of phylogenetic methods to disentangle the evolution and spread of COVID-19 provides some insight, results of phylogenetic analyses, in particular those conducted under the default settings of current phylogenetic inference tools, as well as downstream analyses on the inferred phylogenies, should be considered and interpreted with extreme caution.
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