Egr2-dependent gene expression profiling and ChIP-Seq reveal novel biologic targets in T cell anergy.
Egr2-dependent gene expression profiling and ChIP-Seq reveal novel biologic targets in T cell anergy.
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DOI：
10.1016/j.molimm.2013.03.006
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发表时间：
2013-10
影响因子：
3.6
通讯作者：
Gajewski TF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zheng Y;Zha Y;Spaapen RM;Mathew R;Barr K;Bendelac A;Gajewski TF
T细胞无反应性是促进外周耐受的机制之一，特别是在肿瘤逐渐生长和促进同种异体移植接受的耐受治疗中。我们最近报道，早期生长反应基因 2 (Egr2) 是体外和体内诱导无反应性的关键转录因子，因其调节抑制性信号分子二酰甘油激酶 (DGK)-α 和 -ζ 表达的能力而被鉴定。我们推断 Egr2 的其他转录靶标可能编码对 T 细胞无反应性和免疫调节重要的其他因子。因此，我们进行了两组全基因组筛选：野生型与无能条件下处理的 Egr2 缺失 T 细胞的基因表达谱分析，以及 ChIP-Seq 分析以鉴定无能细胞中结合 Egr2 的基因。合并这些数据集揭示了 49 个受 Egr2 直接调控的目标。其中包括先前报道的抑制性信号分子导致 T 细胞无反应性，但出乎意料的是，细胞表面分子和分泌因子也有影响，包括淋巴细胞激活基因 3 (Lag3)、I 类 MHC 限制性 T 细胞相关分子 (Crtam)、信号蛋白 7A (Sema7A) 和趋化因子 CCL1。这些观察结果表明，无反应性 T 细胞可能不仅仅是功能惰性，而且可能具有针对免疫系统其他细胞成分的附加功能特性。
T cell anergy is one of the mechanisms contributing to peripheral tolerance, particularly in the context of progressively growing tumors and in tolerogenic treatments promoting allograft acceptance. We recently reported that early growth response gene 2 (Egr2) is a critical transcription factor for the induction of anergy in vitro and in vivo, which was identified based on its ability to regulate the expression of inhibitory signaling molecules diacylglycerol kinase (DGK)-α and -ζ. We reasoned that other transcriptional targets of Egr2 might encode additional factors important for T cell anergy and immune regulation. Thus, we conducted two sets of genome-wide screens: gene expression profiling of wild type versus Egr2-deleted T cells treated under anergizing conditions, and a ChIP-Seq analysis to identify genes that bind Egr2 in anergic cells. Merging of these data sets revealed 49 targets that are directly regulated by Egr2. Among these are inhibitory signaling molecules previously reported to contribute to T cell anergy, but unexpectedly, also cell surface molecules and secreted factors, including lymphocyte-activation gene 3 (Lag3), Class-I-MHC-restricted T cell associated molecule (Crtam), Semaphorin 7A (Sema7A), and chemokine CCL1. These observations suggest that anergic T cells might not simply be functionally inert, and may have additional functional properties oriented towards other cellular components of the immune system.
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影响因子：
3.7
作者：
Curran MA;Kim M;Montalvo W;Al-Shamkhani A;Allison JP
通讯作者：
Allison JP
DOI：
10.1084/jem.176.2.327
发表时间：
1992-08-01
期刊：
The Journal of experimental medicine
影响因子：
--
作者：
Baixeras E;Huard B;Miossec C;Jitsukawa S;Martin M;Hercend T;Auffray C;Triebel F;Piatier-Tonneau D
通讯作者：
Piatier-Tonneau D
影响因子：
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作者：
Nedivi, E;Wu, GY;Cline, HT
通讯作者：
Cline, HT
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32.4
作者：
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通讯作者：
Medzhitov, Ruslan
模因套件：用于发现和搜索的工具。
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作者：
Bailey TL;Boden M;Buske FA;Frith M;Grant CE;Clementi L;Ren J;Li WW;Noble WS
通讯作者：
Noble WS