An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage color in ducks.
An intercross population study reveals genes associated with body size and plumage color in ducks.
复制标题
一项跨群体研究揭示了与鸭子体型和羽毛颜色相关的基因
DOI：
10.1038/s41467-018-04868-4
复制
发表时间：
2018-07-17
影响因子：
16.6
通讯作者：
Jiang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhou Z;Li M;Cheng H;Fan W;Yuan Z;Gao Q;Xu Y;Guo Z;Zhang Y;Hu J;Liu H;Liu D;Chen W;Zheng Z;Jiang Y;Wen Z;Liu Y;Chen H;Xie M;Zhang Q;Huang W;Wang W;Hou S;Jiang Y
比较种群基因组学提供了在动物驯化过程中发现人工选择特征的机会，然而，它们的功能不能被直接揭示。我们通过对40只绿头鸭、36只本地种鸭和30只京巴鸭进行全基因组比较，发现了选择特征。然后，根据对野生 × 国内杂交产生的F2分离群体中1,026只鸭的重新测序，对表型进行了精细定位。有趣的是，北京鸭的两个关键经济性状与两个带有固定突变的选择性扫描有关。一个新的内含子插入最有可能导致MITF的剪接变化，解释了白鸭绒羽毛。一种可能的远程调控突变会导致IGF2BP1基因在出生后持续表达，从而使体型增加15%，饲料效率增加6%。这项研究为动物研究中的基因型-表型关联提供了新的见解，并构成了家禽重要经济基因的一个有前途的资源。
Comparative population genomics offers an opportunity to discover the signatures of artificial selection during animal domestication, however, their function cannot be directly revealed. We discover the selection signatures using genome-wide comparisons among 40 mallards, 36 indigenous-breed ducks, and 30 Pekin ducks. Then, the phenotypes are fine-mapped based on resequencing of 1026 ducks from an F2segregating population generated by wild × domestic crosses. Interestingly, the two key economic traits of Pekin duck are associated with two selective sweeps with fixed mutations. A novel intronic insertion most possibly leads to a splicing change inMITFaccounted for white duck down feathers. And a putative long-distance regulatory mutation causes continuous expression of theIGF2BP1gene after birth which increases body size by 15% and feed efficiency by 6%. This study provides new insights into genotype–phenotype associations in animal research and constitutes a promising resource on economically important genes in fowl.
登录
查看更多内容
影响因子：
4.5
作者：
Gutenkunst RN;Hernandez RD;Williamson SH;Bustamante CD
通讯作者：
Bustamante CD
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
中国家鸭的起源和遗传多样性
影响因子：
4.1
作者：
Li, Hui-Fang;Zhu, Wen-Qi;Chen, Kuan-Wei
通讯作者：
Chen, Kuan-Wei
影响因子：
5.3
作者：
Hansen, TVO;Hammer, NA;Nielsen, FC
通讯作者：
Nielsen, FC
影响因子：
1.5
作者：
Hitosugi, Sadae;Tsuda, Kaoru;Tanabe, Yuichi
通讯作者：
Tanabe, Yuichi