Limitations of the rhesus macaque draft genome assembly and annotation.
Limitations of the rhesus macaque draft genome assembly and annotation.
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DOI：
10.1186/1471-2164-13-206
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发表时间：
2012-05-30
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Norgren RB Jr
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang X;Goodsell J;Norgren RB Jr
只有少数脊椎动物的基因组序列和基因组组装完成。因此，研究许多物种的研究人员必须依赖基因组草图。以恒河猴为例，我们记录了一个自动化的基因模型管道Gnomon上的测序错误，序列中的缺口和错误组装的影响。基因组草图与自动基因发现软件的结合可能导致虚假序列。我们估计大约50%的恒河猴基因模型是缺失的、不完整的或不正确的。在这项工作中发现的问题可能适用于所有脊椎动物基因组草案注释的任何自动化基因模型管道，因此代表了一个普遍的挑战草案基因组的分析。
Finished genome sequences and assemblies are available for only a few vertebrates. Thus, investigators studying many species must rely on draft genomes. Using the rhesus macaque as an example, we document the effects of sequencing errors, gaps in sequence and misassemblies on one automated gene model pipeline, Gnomon. The combination of draft genome with automated gene finding software can result in spurious sequences. We estimate that approximately 50% of the rhesus gene models are missing, incomplete or incorrect. The problems identified in this work likely apply to all draft vertebrate genomes annotated with any automated gene model pipeline and thus represent a pervasive challenge to the analysis of draft genomes.
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DOI：
10.1038/nri2636
发表时间：
2009-10
期刊：
Nature reviews. Immunology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3
作者：
Nagy A;Hegyi H;Farkas K;Tordai H;Kozma E;Bányai L;Patthy L
通讯作者：
Patthy L
影响因子：
4.4
作者：
Spindel ER;Pauley MA;Jia Y;Gravett C;Thompson SL;Boyle NF;Ojeda SR;Norgren RB Jr
通讯作者：
Norgren RB Jr
影响因子：
56.9
作者：
Gibbs, Richard A.;Rogers, Jeffrey;Zwieg, Ann S.
通讯作者：
Zwieg, Ann S.
影响因子：
12.3
作者：
Vallender, Eric J.
通讯作者：
Vallender, Eric J.