Data-Independent Acquisition for the Detection of Mononucleoside RNA Modifications by Mass Spectrometry.
Data-Independent Acquisition for the Detection of Mononucleoside RNA Modifications by Mass Spectrometry.
复制标题
数据无关获取用于质谱学检测单核苷RNA修饰。
DOI：
10.1021/jasms.2c00065
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发表时间：
2022-05-04
影响因子：
3.2
通讯作者：
Garcia, Benjamin A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Janssen, Kevin A.;Xie, Yixuan;Kramer, Marianne C.;Gregory, Brian D.;Garcia, Benjamin A.
RNA在细胞中被过多的化学部分动态修饰，以调节分子功能和过程。已经在物种和RNA类型中发现了140多种修饰，其中在转移RNA(TRNA)中发现的修饰密度和多样性最高。用于识别和量化这些修饰的方法在最近几年得到了发展，并且继续进步，主要是在下一代测序(NGS)和质谱学(MS)领域。大多数目前的NGS方法仅限于抗体识别或化学衍生的修饰，并且在同时识别多个修饰方面存在局限性。质谱仪可以克服这两个问题，在一次运行中准确地识别大量的修饰。在这里，我们介绍了以RNA修饰、鉴定和定量为目的的MS数据采集的进展。利用这种方法，我们在拟南芥中鉴定了多个tRNA摆动位置修饰，这些修饰在盐胁迫生长条件下上调，并可能稳定盐胁迫诱导蛋白的翻译。这项工作介绍了研究RNA修饰的方法的改进，并介绍了摆动位置修改在A.thaliana翻译中可能的调节作用。
RNA is dynamically modified in cells by a plethora of chemical moieties to modulate molecular functions and processes. Over 140 modifications have been identified across species and RNA types, with the highest density and diversity of modifications found in transfer RNA (tRNA). The methods used to identify and quantify these modifications have developed over recent years and continue to advance, primarily in the fields of next generation sequencing (NGS) and mass spectrometry (MS). Most current NGS methods are limited to antibody-recognized or chemically-derivatized modifications and have limitations in identifying multiple modifications simultaneously. Mass spectrometry can overcome both of these issues, accurately identifying a large number of modifications in a single run. Here we present advances in MS data acquisition for the purpose of RNA modification identification and quantitation. Using this approach, we identified multiple tRNA wobble position modifications in Arabidopsis thaliana that are upregulated in salt-stressed growth conditions and may stabilize translation of salt stress induced proteins. This work presents improvements in methods for studying RNA modifications and introduces a possible regulatory role of wobble position modifications in A. thaliana translation.
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