PlantGDB: a resource for comparative plant genomics.
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DOI：
10.1093/nar/gkm1041
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Brendel V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Duvick J;Fu A;Muppirala U;Sabharwal M;Wilkerson MD;Lawrence CJ;Lushbough C;Brendel V
PlantGDB （http://www.plantgdb.org/）是一个包含绿色植物（Viridiplantae）序列数据的基因组数据库。PlantGDB提供bb100种植物的带注释的转录本汇编，转录本可以映射到它们的同源基因组背景，并集成了各种序列分析工具和web服务。PlantGDB的基因组浏览器（xGDB）可作为一个图形界面，用于查看、评估和注释转录本和蛋白质对染色体或细菌人工染色体（BAC）基因组组装的比对。集成的yrGATE模块促进了基因模型社区管理的注释。PlantGDB的新网络服务包括Tracembler，这是一种从GenBank跟踪文件数据生成配置的迭代校准工具，以及BioExtract Server，这是一种基于web的服务器，用于执行自定义序列分析工作流程。PlantGDB还拥有一个植物基因组学研究外展门户网站（PGROP），方便获取大量研究和培训资源。
PlantGDB (http://www.plantgdb.org/) is a genomics database encompassing sequence data for green plants (Viridiplantae). PlantGDB provides annotated transcript assemblies for >100 plant species, with transcripts mapped to their cognate genomic context where available, integrated with a variety of sequence analysis tools and web services. For 14 plant species with emerging or complete genome sequence, PlantGDB's genome browsers (xGDB) serve as a graphical interface for viewing, evaluating and annotating transcript and protein alignments to chromosome or bacterial artificial chromosome (BAC)-based genome assemblies. Annotation is facilitated by the integrated yrGATE module for community curation of gene models. Novel web services at PlantGDB include Tracembler, an iterative alignment tool that generates contigs from GenBank trace file data and BioExtract Server, a web-based server for executing custom sequence analysis workflows. PlantGDB also hosts a plant genomics research outreach portal (PGROP) that facilitates access to a large number of resources for research and training.
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影响因子：
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作者：
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