The use of biotin tagging in Saccharomyces cerevisiae improves the sensitivity of chromatin immunoprecipitation.
The use of biotin tagging in Saccharomyces cerevisiae improves the sensitivity of chromatin immunoprecipitation.
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在酿酒酵母中使用生物素标签可提高染色质免疫沉淀的灵敏度。
DOI：
10.1093/nar/gkl003
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发表时间：
2006-02-25
影响因子：
14.9
通讯作者：
Timmers HT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
van Werven FJ;Timmers HT
亲和标记已被广泛应用于蛋白质功能的研究。我们描述了一种基于细菌BirA生物素连接酶的高效酵母菌体内生物素化转录因子系统。利用生物素-链亲和素相互作用的强度来提高染色质免疫沉淀（ChIP）实验中体内蛋白质- dna复合物的检测。在使用生物素标记的LexA dna结合蛋白的测试系统中，我们发现严格的洗涤条件导致信噪比的显著提高。使用N端或c端生物素标记盒生成标记转录因子基因染色体整合版本的酵母菌株。RNA聚合酶II亚基生物素化Rbp3p的ChIP实验表明，Rbp3p的结合甚至可以在弱表达基因上检测到。其他方法无法检测到RNA聚合酶II在这些基因上的结合。我们的研究结果表明，酵母转录因子的生物素化提高了体内蛋白质- dna复合物的检测。
Affinity tagging has been used in many global studies towards protein function. We describe a highly efficient system for in vivo biotinylation of transcription factors in the yeast Saccharomyces cerevisiae, which is based on the bacterial BirA biotin ligase. The strength of the biotin–streptavidin interaction was exploited to improve detection of in vivo protein–DNA complexes in chromatin immunoprecipitation (ChIP) experiments. In a test system using the biotin-tagged LexA DNA-binding protein, we found that stringent washing conditions resulted in a strong improvement of the signal-to-noise ratios. Yeast strains with chromosomally integrated versions of tagged transcription factor genes were generated using N- or C-terminal biotin-tagging cassettes. ChIP experiments with biotinylated Rbp3p, a RNA polymerase II subunit, showed that Rbp3p-binding could even be detected at weakly expressed genes. Other methods failed to detect RNA polymerase II binding at such genes. Our results show that biotinylation of yeast transcription factors improves the detection of in vivo protein–DNA complexes.
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影响因子：
3.5
作者：
Roeder, RG
通讯作者：
Roeder, RG
影响因子：
15
作者：
Lue, RYP;Chen, GYJ;Yao, SQ
通讯作者：
Yao, SQ
DOI：
10.1073/pnas.1332608100
发表时间：
2003-06-24
影响因子：
11.1
作者：
de Boer, E;Rodriguez, P;Strouboulis, J
通讯作者：
Strouboulis, J
影响因子：
16
作者：
Geisberg, JV;Struhl, K
通讯作者：
Struhl, K
影响因子：
2.6
作者：
GIETZ, RD;SCHIESTL, RH;WOODS, RA
通讯作者：
WOODS, RA