Analysis of sequence‐dependent curvature in matrix attachment regions
Analysis of sequence‐dependent curvature in matrix attachment regions
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基质附着区域中序列相关曲率的分析
DOI：
10.1016/s0014-5793(01)02098-1
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发表时间：
2001
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
K. Nomura
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
J. Yamamura;K. Nomura
使用楔形模型计算数据库中可用的基质附着区（MAR）的序列依赖性DNA构象，并与随机选择的基因、启动子、增强子和转座子进行比较。与其他区域相比，MAR具有更长的弯曲部分和更高的角度/螺旋转弯。已知一些MAR序列具有导致DNA弯曲的A区，并且我们在检测的MAR中也发现了许多A区。此外，这里显示的非随机和聚集分布的A-tracts提供了进一步的证据的重要性，A-tracts的MAR构象。这些结果表明，MARs的DNA具有特征性的构象，而不是保守的序列。
Sequence-dependent DNA conformations of matrix attachment regions (MARs) available in a database were calculated using the wedge model, and compared with randomly chosen genes, promoters, enhancers and transposons. The MARs had a longer bent part and higher angle/helical turn than the other regions. It is known that some MAR sequences have A-tracts that cause DNA bending, and we also found many A-tracts in examined MARs. Furthermore, non-random and clustered distribution of A-tracts shown here gave further evidence of the importance of A-tracts for MAR conformations. These results suggest that DNAs of MARs have a characteristic conformation instead of conserved sequence.
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影响因子：
4.4
作者：
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通讯作者：
Olopade,OI
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DOI：
10.1126/science.2951850
发表时间：
1987
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Zahn,K;Blattner,FR
通讯作者：
Blattner,FR
影响因子：
14.9
作者：
GOODSELL, DS;DICKERSON, RE
通讯作者：
DICKERSON, RE
DOI：
10.1073/pnas.88.6.2312
发表时间：
1991-03-01
影响因子：
11.1
作者：
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通讯作者：
TRIFONOV, EN