The Tomato Expression Atlas.
The Tomato Expression Atlas.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx190
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发表时间：
2017-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Mueller LA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fernandez-Pozo N;Zheng Y;Snyder SI;Nicolas P;Shinozaki Y;Fei Z;Catala C;Giovannoni JJ;Rose JKC;Mueller LA
随着新的高通量DNA测序技术的发展和成本的降低，大型基因表达数据集正在加速生成，但可视化可能很复杂。需要新的，更具交互性和直观的工具来可视化表达数据的时空背景，并帮助阐明基因功能。使用番茄果实作为模型，我们开发了番茄表达图谱，以促进有效的数据分析，允许在器官内的细胞/组织分辨率水平上同时可视化基因组，增强假设发展和测试以及候选基因鉴定。该图谱可适用于来自不同多细胞物种的不同类型的表达数据。番茄表达图谱可在http://tea.solgenomics.net/上获得。源代码可在https://github.com/solgenomics/Tea上获得。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
With the development of new high-throughput DNA sequencing technologies and decreasing costs, large gene expression datasets are being generated at an accelerating rate, but can be complex to visualize. New, more interactive and intuitive tools are needed to visualize the spatiotemporal context of expression data and help elucidate gene function. Using tomato fruit as a model, we have developed the Tomato Expression Atlas to facilitate effective data analysis, allowing the simultaneous visualization of groups of genes at a cell/tissue level of resolution within an organ, enhancing hypothesis development and testing in addition to candidate gene identification. This atlas can be adapted to different types of expression data from diverse multicellular species. The Tomato Expression Atlas is available at http://tea.solgenomics.net/. Source code is available at https://github.com/solgenomics/Tea. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
14.9
作者：
Fernandez-Pozo N;Menda N;Edwards JD;Saha S;Tecle IY;Strickler SR;Bombarely A;Fisher-York T;Pujar A;Foerster H;Yan A;Mueller LA
通讯作者：
Mueller LA
影响因子：
3.7
作者：
Winter, Debbie;Vinegar, Ben;Nahal, Hardeep;Ammar, Ron;Wilson, Greg V.;Provart, Nicholas J.
通讯作者：
Provart, Nicholas J.
影响因子：
7.2
作者：
Thimm, O;Bläsing, O;Stitt, M
通讯作者：
Stitt, M
影响因子：
5.6
作者：
ALTSCHUL, SF;GISH, W;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ
影响因子：
14.8
作者：
Martin, Laetitia B. B.;Nicolas, Philippe;Rose, Jocelyn K. C.
通讯作者：
Rose, Jocelyn K. C.