AUGUSTUS: ab initio prediction of alternative transcripts.
AUGUSTUS: ab initio prediction of alternative transcripts.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkl200
复制
发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Morgenstern B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stanke M;Keller O;Gunduz I;Hayes A;Waack S;Morgenstern B
AUGUSTUS是一种基于广义隐马尔可夫模型（一种序列及其基因结构的概率模型）的真核生物基因预测软件工具。像大多数现有的基因发现者一样，AUGUSTUS的第一个版本返回每个预测基因的一个转录本，并忽略了选择性剪接现象。在这里，我们提出了一个WWW服务器的扩展版本的AUGUSTUS，能够预测多个剪接变异。据我们所知，这是第一个从头开始的基因发现者，可以预测多个转录本。此外，我们还提供了一个基序搜索工具，用户定义的正则表达式可以搜索对推定的蛋白质编码的预测基因。AUGUSTUS Web界面和可下载的开源独立程序可从免费获得。
AUGUSTUS is a software tool for gene prediction in eukaryotes based on a Generalized Hidden Markov Model, a probabilistic model of a sequence and its gene structure. Like most existing gene finders, the first version of AUGUSTUS returned one transcript per predicted gene and ignored the phenomenon of alternative splicing. Herein, we present a WWW server for an extended version of AUGUSTUS that is able to predict multiple splice variants. To our knowledge, this is the first ab initio gene finder that can predict multiple transcripts. In addition, we offer a motif searching facility, where user-defined regular expressions can be searched against putative proteins encoded by the predicted genes. The AUGUSTUS web interface and the downloadable open-source stand-alone program are freely available from .
登录
查看更多内容
影响因子：
5.8
作者：
Stanke, Mario;Waack, Stephan
通讯作者：
Waack, Stephan
影响因子：
7
作者：
Alexandersson, M;Cawley, S;Pachter, L
通讯作者：
Pachter, L
影响因子：
5.6
作者：
GUIGO, R;KNUDSEN, S;SMITH, T
通讯作者：
SMITH, T
影响因子：
3
作者：
Brudno, M;Chapman, M;Morgenstern, B
通讯作者：
Morgenstern, B
影响因子：
14.9
作者：
Stanke M;Morgenstern B
通讯作者：
Morgenstern B