Reference genes validation in Phenacoccus solenopsis under various biotic and abiotic stress conditions.
Reference genes validation in Phenacoccus solenopsis under various biotic and abiotic stress conditions.
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DOI：
10.1038/s41598-017-13925-9
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发表时间：
2017-10-19
影响因子：
4.6
通讯作者：
Verma PC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Arya SK;Jain G;Upadhyay SK;Sarita;Singh H;Dixit S;Verma PC
实时PCR（RT-qPCR）表达分析是一种强大的分析技术，但数据的标准化需要使用稳定的参考基因。然而，合适的参考基因仍然不知道在可变的实验处理下的情况下的绵粉蚧。本研究旨在筛选出稳定的管家基因，为分析不同生物和非生物因子下的茄果类植物管家基因提供参考。分析了6个常用候选参考基因在不同发育阶段、寄主取食试验、温度处理和田间分布条件下的相对表达量。通过geNorm、Normands和Referral分析表达稳定性。在发育和田间分布条件下，发现β-Tubulin是最稳定的参考基因，其次是rpl 32和α-Tubulin。在宿主饲喂处理条件的情况下，β-微管蛋白和α-微管蛋白被鉴定为最稳定的参考基因，而在温度应激中，发现α-微管蛋白和rpl 32的组合适合于标准化RT-qPCR数据。此外，使用基于RT-qPCR的四个目标基因（即，肌抑制肽（MIP）、锌金属蛋白酶（Zn_Mp）、脂肪酸合成酶（fas）和α-葡糖苷酶）的基因表达分析来验证上述鉴定的基因。这些参考基因的确定为今后研究不同胁迫条件下的基因表达奠定了基础。
Real-time PCR (RT-qPCR) expression analysis is a powerful analytical technique, but for normalization of data requires the use of stable reference genes. However, suitable reference genes are still not known in the case of Phenacoccus solenopsis under variable experimental treatments. The present study focused on the identification of stable housekeeping genes as a reference for analysis under different abiotic and biotic factors in P. solenopsis. We analyzed the relative expression of six commonly used candidate reference genes in different developmental stages, host-feeding assay, temperature treatments and field distribution conditions. Expression stabilities were analyzed by geNorm, NormFinder, and RefFinder. Under developmental and field distribution conditions, β-Tubulin was found to be most stable reference genes followed by rpl32 and α-Tubulin. In the case host feeding treatment conditions, β-Tubulin and α-tubulin identified to be the most stable reference genes, while in temperature stress, a combination of α-Tubulin and rpl32 found to be suitable for normalizing the RT-qPCR data. Further, the above-identified genes were validated using RT-qPCR based gene expression analysis of four objective genes namely, Myoinhibitory peptides (MIPs), Zinc_metalloprotease (Zn_Mp), fatty acid synthase (fas) and alpha-glucosidase. Identified reference genes will facilitate gene expression studies in future under different stress treatments in P. solenopsis.
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--
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