Transcript-level annotation of Affymetrix probesets improves the interpretation of gene expression data.
Transcript-level annotation of Affymetrix probesets improves the interpretation of gene expression data.
复制标题
Affymetrix 探针组的转录水平注释改善了基因表达数据的解释
DOI：
10.1186/1471-2105-8-194
复制
发表时间：
2007-06-11
影响因子：
3
通讯作者：
Li YX
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yu H;Wang F;Tu K;Xie L;Li YY;Li YX
随着Affymetrix微阵列在生物学研究领域的广泛应用，研究对象的注释成为一个重要的问题。标准的Affymetrix探测集注释是在基因水平上进行的，即探测集精确地链接到一个基因，而探测集强度被解释为基因表达。随着对一个基因可能有多个转录变体的了解的增加，明确地提出了将这种基因水平的注释更新到精炼的转录水平的必要性。结果通过将Affymetrix探针序列与全面的当前可用的转录序列库进行严格比对，并进一步将这些探测集与国际蛋白质索引相链接，我们为两个流行的Affymetrix表达阵列--小鼠基因组430A 2.0阵列和人类基因组U133A阵列--生成了转录水平或蛋白质水平的注释表。我们的新注释应用于重新检查现有的表达数据集，结果表明同义试剂集之间的表达一致性提高了，相互作用的蛋白质之间的表达相关性增强了。结论通过从基因水平到转录水平和蛋白质水平提炼标准的Affymetrix注释，可以对其实验数据进行更可靠的解释，从而可能发现更深刻的调控机制。
BackgroundThe wide use of Affymetrix microarray in broadened fields of biological research has made the probeset annotation an important issue. Standard Affymetrix probeset annotation is at gene level, i.e. a probeset is precisely linked to a gene, and probeset intensity is interpreted as gene expression. The increased knowledge that one gene may have multiple transcript variants clearly brings up the necessity of updating this gene-level annotation to a refined transcript-level.ResultsThrough performing rigorous alignments of the Affymetrix probe sequences against a comprehensive pool of currently available transcript sequences, and further linking the probesets to the International Protein Index, we generated transcript-level or protein-level annotation tables for two popular Affymetrix expression arrays, Mouse Genome 430A 2.0 Array and Human Genome U133A Array. Application of our new annotations in re-examining existing expression data sets shows increased expression consistency among synonymous probesets and strengthened expression correlation between interacting proteins.ConclusionBy refining the standard Affymetrix annotation of microarray probesets from the gene level to the transcript level and protein level, one can achieve a more reliable interpretation of their experimental data, which may lead to discovery of more profound regulatory mechanism.
登录
查看更多内容
影响因子：
3
作者：
Hwang KB;Kong SW;Greenberg SA;Park PJ
通讯作者：
Park PJ
影响因子：
3
作者：
Kim, SY;Volsky, DJ
通讯作者：
Volsky, DJ
影响因子：
14.9
作者：
Chen, Y;Xu, D
通讯作者：
Xu, D
影响因子：
14.9
作者：
Le, K;Mitsouras, K;Lee, C
通讯作者：
Lee, C
影响因子：
4.8
作者：
BUCK, K;VANEK, M;BALL, RK
通讯作者：
BALL, RK