Transcriptome-wide measurement of translation by ribosome profiling.
Transcriptome-wide measurement of translation by ribosome profiling.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2017.05.028
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发表时间：
2017-08-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ingolia NT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McGlincy NJ;Ingolia NT
翻译是生活的基本过程之一。它包括多肽的装配，其氨基酸序列对应于mRNA的ORF的密码子序列。翻译是由核糖体完成的;因此，为了理解翻译及其调控，我们必须能够确定体内mRNA上核糖体的数量和位置。此外，我们必须能够检查它们在不同的生理环境中的再分布，并对实验操作作出反应。核糖体分析方法为我们提供了一个机会，了解这些位置，通过测序来自核糖体覆盖的mRNA的短片段的cDNA文库。自其最初的描述，核糖体分析方法经历了持续的发展，在这篇文章中，我们描述了该方法的现状。重要的改进包括：掺入样品条形码以实现文库多重化，掺入独特的分子标识符以实现去除重复序列，以及用未连接的接头的酶促降解代替凝胶纯化步骤。
Translation is one of the fundamental processes of life. It comprises the assembly of polypeptides whose amino acid sequence corresponds to the codon sequence of an mRNA’s ORF. Translation is performed by the ribosome; therefore, in order to understand translation and its regulation we must be able to determine the numbers and locations of ribosomes on mRNAs in vivo. Furthermore, we must be able to examine their redistribution in different physiological contexts and in response to experimental manipulations. The ribosome profiling method provides us with an opportunity to learn these locations, by sequencing a cDNA library derived from the short fragments of mRNA covered by the ribosome. Since its original description, the ribosome profiling method has undergone continuing development; in this article we describe the method’s current state. Important improvements include: the incorporation of sample barcodes to enable library multiplexing, the incorporation of unique molecular identifiers to enable to removal of duplicated sequences, and the replacement of a gel-purification step with the enzymatic degradation of unligated linker.
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DOI：
10.1038/nrm4069
发表时间：
2015-11
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Brar GA;Weissman JS
通讯作者：
Weissman JS
核糖体分析揭示了果蝇果蝇中普遍存在的终止密码子读取。
影响因子：
7.7
作者：
Dunn JG;Foo CK;Belletier NG;Gavis ER;Weissman JS
通讯作者：
Weissman JS
影响因子：
4.8
作者：
Huppertz, Ina;Attig, Jan;D'Ambrogio, Andrea;Easton, Laura E.;Sibley, Christopher R.;Sugimoto, Yoichiro;Tajnik, Mojca;Koenig, Julian;Ule, Jernej
通讯作者：
Ule, Jernej
DOI：
10.1261/rna.052548.115
发表时间：
2015-10
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Chung BY;Hardcastle TJ;Jones JD;Irigoyen N;Firth AE;Baulcombe DC;Brierley I
通讯作者：
Brierley I
DOI：
10.1073/pnas.1208138109
发表时间：
2012-07-31
影响因子：
11.1
作者：
Han, Yan;David, Alexandre;Qian, Shu-Bing
通讯作者：
Qian, Shu-Bing