Indexing strategies for rapid searches of short words in genome sequences.
Indexing strategies for rapid searches of short words in genome sequences.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0000579
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发表时间：
2007-06-27
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Jongeneel CV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Iseli C;Ambrosini G;Bucher P;Jongeneel CV
在包含全基因组或转录组的大量短（14-30个核苷酸）单词和序列数据库之间搜索匹配是生物序列分析中的一项常见任务。我们研究了处理这类任务的简单索引策略的性能，并开发了两个程序fetchGWI和tagger，它们分别对数据库或查询集进行索引。对于超过10,000个探测的搜索，这两种策略的性能都优于megablast。FetchGWI是一种快速搜索多个基因组的通用工具，在大多数情况下，其性能受到对文件系统访问速度的限制。我们已经公开提供了一个Web界面，用于用寡核苷酸查询搜索人类、小鼠和其他几种基因组和转录组。
Searching for matches between large collections of short (14–30 nucleotides) words and sequence databases comprising full genomes or transcriptomes is a common task in biological sequence analysis. We investigated the performance of simple indexing strategies for handling such tasks and developed two programs, fetchGWI and tagger, that index either the database or the query set. Either strategy outperforms megablast for searches with more than 10,000 probes. FetchGWI is shown to be a versatile tool for rapidly searching multiple genomes, whose performance is limited in most cases by the speed of access to the filesystem. We have made publicly available a Web interface for searching the human, mouse, and several other genomes and transcriptomes with oligonucleotide queries.
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作者：
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