Protein Block Expert (PBE): a web-based protein structure analysis server using a structural alphabet.
Protein Block Expert (PBE): a web-based protein structure analysis server using a structural alphabet.
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DOI：
10.1093/nar/gkl199
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Offmann B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tyagi M;Sharma P;Swamy CS;Cadet F;Srinivasan N;de Brevern AG;Offmann B
使用短结构原型或结构字母表将蛋白质 3D 结构编码为 1D 字符串，为结构比较和分析开辟了新的前沿。使用有据可查的蛋白质块 (PB) 的 16 个基序作为结构字母表，我们开发了一种方法来比较编码为 PB 序列的蛋白质结构，方法是使用动态编程（使用 PB 的替换矩阵）进行比对。该方法在 Protein Block Expert (PBE) 服务器中可用的应用程序中实现。 PBE 解决了蛋白质结构分析领域的常见问题，例如比较蛋白质结构以及识别结构数据库中类似于给定结构的蛋白质结构。 PBE-T 提供将任何 PDB 文件转换为 PB 序列的工具。 PBE-ALIGNc 根据相应 PB 序列的比对对两种蛋白质结构进行比较。 PBE-ALIGNm 是一种基于 PB 对齐挖掘 SCOP 数据库相似结构的工具。此外，PBE 还提供了一个数据库 (PBE-SAdb) 的接口，该数据库包含来自 95% 剔除的 SCOP 的预处理 PB 序列以及家族和超家族水平上的所有对所有配对 PB 比对。 PBE 服务器可在 上免费获得。
Encoding protein 3D structures into 1D string using short structural prototypes or structural alphabets opens a new front for structure comparison and analysis. Using the well-documented 16 motifs of Protein Blocks (PBs) as structural alphabet, we have developed a methodology to compare protein structures that are encoded as sequences of PBs by aligning them using dynamic programming which uses a substitution matrix for PBs. This methodology is implemented in the applications available in Protein Block Expert (PBE) server. PBE addresses common issues in the field of protein structure analysis such as comparison of proteins structures and identification of protein structures in structural databanks that resemble a given structure. PBE-T provides facility to transform any PDB file into sequences of PBs. PBE-ALIGNc performs comparison of two protein structures based on the alignment of their corresponding PB sequences. PBE-ALIGNm is a facility for mining SCOP database for similar structures based on the alignment of PBs. Besides, PBE provides an interface to a database (PBE-SAdb) of preprocessed PB sequences from SCOP culled at 95% and of all-against-all pairwise PB alignments at family and superfamily levels. PBE server is freely available at .
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10.1093/protein/13.8.535
发表时间：
2000-08-01
期刊：
PROTEIN ENGINEERING
影响因子：
--
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Jung, J;Lee, B
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Lee, B