AAI-profiler: fast proteome-wide exploratory analysis reveals taxonomic identity, misclassification and contamination.
AAI-profiler: fast proteome-wide exploratory analysis reveals taxonomic identity, misclassification and contamination.
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DOI：
10.1093/nar/gky359
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发表时间：
2018-07-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Holm L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Medlar AJ;Törönen P;Holm L
我们提出了AAI分析器，一个Web服务器的探索性分析和比较基因组学的质量控制。AAI-profiler总结了蛋白质组范围内的序列搜索结果，以识别新物种，评估分类重新分类的需要，并检测多分离和污染的样品。AAI分析器使用散点图将结果可视化，该散点图显示查询蛋白质组与序列数据库中所有相似物种的平均氨基酸同一性（AAI）。分类组由颜色和标记样式表示，使离群值易于发现。AAI-profiler使用SANS并行执行高性能同源性搜索，使蛋白质组范围的分析成为可能。我们证明了AAI-分析器在发现两种细菌共生体的杂食性海盗虫（Orius）和一种重要的农业害虫蓟马（Frankliniella ococcuentalis）之间的密切关系中的功效。该共生体是Rosenbergiella属中迄今为止仅在花蜜中描述的新物种。AAI-profiler易于使用，所呈现的分析仅需要点击两次鼠标，并在几分钟内完成。AAI-profiler可在http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/AAI上获得。
We present AAI-profiler, a web server for exploratory analysis and quality control in comparative genomics. AAI-profiler summarizes proteome-wide sequence search results to identify novel species, assess the need for taxonomic reclassification and detect multi-isolate and contaminated samples. AAI-profiler visualises results using a scatterplot that shows the Average Amino-acid Identity (AAI) from the query proteome to all similar species in the sequence database. Taxonomic groups are indicated by colour and marker styles, making outliers easy to spot. AAI-profiler uses SANSparallel to perform high-performance homology searches, making proteome-wide analysis possible. We demonstrate the efficacy of AAI-profiler in the discovery of a close relationship between two bacterial symbionts of an omnivorous pirate bug (Orius) and a thrip (Frankliniella occidentalis), an important pest in agriculture. The symbionts represent novel species within the genus Rosenbergiella so far described only in floral nectar. AAI-profiler is easy to use, the analysis presented only required two mouse clicks and was completed in a few minutes. AAI-profiler is available at http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/AAI.
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影响因子：
9.5
作者：
Katoh K;Rozewicki J;Yamada KD
通讯作者：
Yamada KD
影响因子：
3.3
作者：
Facey PD;Méric G;Hitchings MD;Pachebat JA;Hegarty MJ;Chen X;Morgan LV;Hoeppner JE;Whitten MM;Kirk WD;Dyson PJ;Sheppard SK;Del Sol R
通讯作者：
Del Sol R
影响因子：
28.3
作者：
Parks, Donovan H.;Rinke, Christian;Tyson, Gene W.
通讯作者：
Tyson, Gene W.
DOI：
10.1073/pnas.0409727102
发表时间：
2005-02-15
影响因子：
11.1
作者：
Konstantinidis, KT;Tiedje, JM
通讯作者：
Tiedje, JM
影响因子：
3.2
作者：
Konstantinidis, KT;Tiedje, JM
通讯作者：
Tiedje, JM