FragmentStore--a comprehensive database of fragments linking metabolites, toxic molecules and drugs.
FragmentStore--a comprehensive database of fragments linking metabolites, toxic molecules and drugs.
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DOI：
10.1093/nar/gkq969
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Preissner R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ahmed J;Worth CL;Thaben P;Matzig C;Blasse C;Dunkel M;Preissner R
考虑生物分子在其分子构建块方面提供了关于其合成，降解和相似性的有价值的新信息。在这里，我们介绍了FragmentStore，一个用于比较代谢物，药物或有毒化合物中发现的片段的资源。从13000种代谢物、16000种药物和2200种有毒化合物开始，我们产生了35000种不同的构建模块（片段），这些模块不仅与它们的生物合成和降解有关，而且还提供了有关副作用和毒性的重要信息。FragmentStore提供了多种搜索选项，如2D结构、分子量、可旋转键等。已实施了各种分析工具，包括计算片段结合位点的氨基酸偏好、基于片段结合的酶的酶分类类别对片段进行分类以及通过片段组装工具生成小分子文库。使用FragmentStore，现在可以识别不同类型分子的共同片段，并生成关于此类交叉影响的假设。例如，不同药物中片段的共同出现可能表明相似的靶标和可能的脱靶相互作用，而药物和毒性化合物/代谢物中片段的共同出现可能表明副作用。该数据库可在http://bioinformatics.charite.de/fragment_store上公开查阅。
Consideration of biomolecules in terms of their molecular building blocks provides valuable new information regarding their synthesis, degradation and similarity. Here, we present the FragmentStore, a resource for the comparison of fragments found in metabolites, drugs or toxic compounds. Starting from 13 000 metabolites, 16 000 drugs and 2200 toxic compounds we generated 35 000 different building blocks (fragments), which are not only relevant to their biosynthesis and degradation but also provide important information regarding side-effects and toxicity. The FragmentStore provides a variety of search options such as 2D structure, molecular weight, rotatable bonds, etc. Various analysis tools have been implemented including the calculation of amino acid preferences of fragments’ binding sites, classification of fragments based on the enzyme classification class of the enzyme(s) they bind to and small molecule library generation via a fragment-assembler tool. Using the FragmentStore, it is now possible to identify the common fragments of different classes of molecules and generate hypotheses about the effects of such intersections. For instance, the co-occurrence of fragments in different drugs may indicate similar targets and possible off-target interactions whereas the co-occurrence of fragments in a drug and a toxic compound/metabolite could be indicative of side-effects. The database is publicly available at: http://bioinformatics.charite.de/fragment_store.
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影响因子：
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作者：
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Tipton, Keith F.
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作者：
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通讯作者：
Preissner R
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作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Wishart DS;Arndt D;Berjanskii M;Guo AC;Shi Y;Shrivastava S;Zhou J;Zhou Y;Lin G
通讯作者：
Lin G
DOI：
10.1021/ci970429i
发表时间：
1998-05-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Lewell, XQ;Judd, DB;Hann, MM
通讯作者：
Hann, MM