Genetic and mechanistic basis for APOBEC3H alternative splicing, retrovirus restriction, and counteraction by HIV-1 protease.
Genetic and mechanistic basis for APOBEC3H alternative splicing, retrovirus restriction, and counteraction by HIV-1 protease.
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DOI：
10.1038/s41467-018-06594-3
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发表时间：
2018-10-08
影响因子：
16.6
通讯作者：
Harris RS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ebrahimi D;Richards CM;Carpenter MA;Wang J;Ikeda T;Becker JT;Cheng AZ;McCann JL;Shaban NM;Salamango DJ;Starrett GJ;Lingappa JR;Yong J;Brown WL;Harris RS
人APOBEC 3 H（A3 H）是一种抑制HIV-1的单链DNA胞嘧啶脱氨酶。已经描述了具有不同抗病毒活性和地理分布的七种单倍型（I-VII）和四种剪接变体（SV 154/182/183/200），但是变体表达和功能的遗传和机制基础仍然不清楚。使用生物信息学/实验相结合的分析，我们发现，SV 200的表达是特定的单倍型II，这是主要发现在撒哈拉以南非洲。差异mRNA剪接的潜在遗传机制是A3 H单倍型II序列内的古老内含子缺失[del（ctc）]。我们表明，SV 200是至少四倍以上的HIV-1的限制性比其他A3 H剪接变异体。为了抵消这种升高的抗病毒活性，HIV-1蛋白酶将SV 200切割成更短、限制性更小的同种型。我们的分析表明，除了Vif介导的降解外，在撒哈拉以南非洲超过80%的人群中，HIV-1可能使用蛋白酶作为对抗A3 H的防御机制。人APOBEC 3 H有几个单倍型和剪接变体，具有不同的抗HIV-1活性，但这些变体表达的遗传学基础尚不清楚。在这里，作者鉴定了A3 H单倍型II中的内含子缺失，导致产生最活跃的剪接变体，该变体被HIV-1蛋白酶抵消。
Human APOBEC3H (A3H) is a single-stranded DNA cytosine deaminase that inhibits HIV-1. Seven haplotypes (I–VII) and four splice variants (SV154/182/183/200) with differing antiviral activities and geographic distributions have been described, but the genetic and mechanistic basis for variant expression and function remains unclear. Using a combined bioinformatic/experimental analysis, we find that SV200 expression is specific to haplotype II, which is primarily found in sub-Saharan Africa. The underlying genetic mechanism for differential mRNA splicing is an ancient intronic deletion [del(ctc)] within A3H haplotype II sequence. We show that SV200 is at least fourfold more HIV-1 restrictive than other A3H splice variants. To counteract this elevated antiviral activity, HIV-1 protease cleaves SV200 into a shorter, less restrictive isoform. Our analyses indicate that, in addition to Vif-mediated degradation, HIV-1 may use protease as a counter-defense mechanism against A3H in >80% of sub-Saharan African populations. Human APOBEC3H has several haplotypes and splice variants with distinct anti-HIV-1 activities, but the genetics underlying the expression of these variants are unclear. Here, the authors identify an intronic deletion in A3H haplotype II resulting in production of the most active splice variant, which is counteracted by HIV-1 protease.
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B细胞中的突变，Kataegis和易位：了解有助于混杂活性。
DOI：
10.1038/nri.2016.2
发表时间：
2016-03
期刊：
Nature reviews. Immunology
影响因子：
--
作者：
Casellas R;Basu U;Yewdell WT;Chaudhuri J;Robbiani DF;Di Noia JM
通讯作者：
Di Noia JM
影响因子：
9.2
作者：
Abudu, Aierken;Takaori-Kondo, Akifumi;Uchiyama, Takashi
通讯作者：
Uchiyama, Takashi
影响因子：
16.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3.7
作者：
Browne, Edward P.;Allers, Carolina;Landau, Nathaniel R.
通讯作者：
Landau, Nathaniel R.
影响因子：
5.4
作者：
Albin, John S.;Hache, Guylaine;Harris, Reuben S.
通讯作者：
Harris, Reuben S.