Single-cell transcriptomic analysis of mIHC images via antigen mapping.
Single-cell transcriptomic analysis of mIHC images via antigen mapping.
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通过抗原作图对mIHC图像进行单细胞转录组学分析。
DOI：
10.1126/sciadv.abc5464
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发表时间：
2021-03
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
Camara PG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Govek KW;Troisi EC;Miao Z;Aubin RG;Woodhouse S;Camara PG
将单细胞RNA-SEQ数据映射到IHC图像上，可以在高表型分辨率下对细胞群体进行注释。高度多重免疫组织化学(MIHC)能够以单细胞分辨率对组织切片中的数十种抗原进行染色和定量。然而，注释在所描述的抗原上差别很小的细胞群体或抗体小组不包括特定标记的细胞群体是具有挑战性的。为了克服这一障碍，我们开发了一种用单细胞RNA测序数据丰富mIHC图像的方法，建立在最近的实验程序的基础上，通过同时测量抗原来增强单细胞转录本。通过表位锚定的空间分辨转录组学(STvEA)执行高度多元化的细胞学数据集的转录组指导的注释。它通过系统地注释细微差别的细胞群体、转录的空间模式以及细胞类型之间的相互作用，提高了组织学分析中的细节水平。我们通过使用已公布的细胞术和MIHC数据揭示了小鼠脾中特征不佳的细胞类型的结构，从而证明了STVEA的实用性。
Mapping single-cell RNA-seq data onto IHC images enables the annotation of cell populations at high phenotypic resolution. Highly multiplexed immunohistochemistry (mIHC) enables the staining and quantification of dozens of antigens in a tissue section with single-cell resolution. However, annotating cell populations that differ little in the profiled antigens or for which the antibody panel does not include specific markers is challenging. To overcome this obstacle, we have developed an approach for enriching mIHC images with single-cell RNA sequencing data, building upon recent experimental procedures for augmenting single-cell transcriptomes with concurrent antigen measurements. Spatially-resolved Transcriptomics via Epitope Anchoring (STvEA) performs transcriptome-guided annotation of highly multiplexed cytometry datasets. It increases the level of detail in histological analyses by enabling the systematic annotation of nuanced cell populations, spatial patterns of transcription, and interactions between cell types. We demonstrate the utility of STvEA by uncovering the architecture of poorly characterized cell types in the murine spleen using published cytometry and mIHC data of this organ.
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影响因子：
64.8
作者：
Halpern KB;Shenhav R;Matcovitch-Natan O;Toth B;Lemze D;Golan M;Massasa EE;Baydatch S;Landen S;Moor AE;Brandis A;Giladi A;Avihail AS;David E;Amit I;Itzkovitz S
通讯作者：
Itzkovitz S
影响因子：
64.5
作者：
Levine JH;Simonds EF;Bendall SC;Davis KL;Amir el-AD;Tadmor MD;Litvin O;Fienberg HG;Jager A;Zunder ER;Finck R;Gedman AL;Radtke I;Downing JR;Pe'er D;Nolan GP
通讯作者：
Nolan GP
DOI：
10.1126/science.1247651
发表时间：
2014-02-14
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jaitin DA;Kenigsberg E;Keren-Shaul H;Elefant N;Paul F;Zaretsky I;Mildner A;Cohen N;Jung S;Tanay A;Amit I
通讯作者：
Amit I
影响因子：
64.5
作者：
Goltsev Y;Samusik N;Kennedy-Darling J;Bhate S;Hale M;Vazquez G;Black S;Nolan GP
通讯作者：
Nolan GP
影响因子：
4.4
作者：
Hartnell, A;Heinemann, A;Williams, TJ
通讯作者：
Williams, TJ