MARS: microarray analysis, retrieval, and storage system.
MARS: microarray analysis, retrieval, and storage system.
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DOI：
10.1186/1471-2105-6-101
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发表时间：
2005-04-18
影响因子：
3
通讯作者：
Trajanoski Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Maurer M;Molidor R;Sturn A;Hartler J;Hackl H;Stocker G;Prokesch A;Scheideler M;Trajanoski Z
微阵列分析已成为一种广泛使用的技术，在基因组规模的基因表达模式的研究。随着越来越多的实验室采用微阵列技术，需要一个功能强大且易于使用的微阵列数据库，以方便阵列制作、标记、杂交和数据分析。这种高通量方法产生的丰富数据使得足够的数据库和分析工具对于深入了解细胞的转录组学行为至关重要。MARS（微阵列分析和检索系统）提供了一个全面的MIAME支持套件，用于存储，检索和分析多色微阵列数据。该系统包括一个实验室信息管理系统（LIMS），一个质量控制管理，以及一个先进的用户管理系统。MARS完全集成到微阵列图像分析、标准化、基因表达聚类和基因表达数据到生物途径的映射的分析管道中。本体的合并和MAGE-ML的使用使得存储在MARS中的研究能够导出到公共存储库和接受这些文档的其他数据库。我们开发了一个集成系统，专门为基于微阵列的研究项目的特定需求服务，使用基于Web的和独立的应用程序连接到最新的J2EE应用服务器技术的独特融合。该系统免费提供给学术和非营利机构。更多信息请访问。
Microarray analysis has become a widely used technique for the study of gene-expression patterns on a genomic scale. As more and more laboratories are adopting microarray technology, there is a need for powerful and easy to use microarray databases facilitating array fabrication, labeling, hybridization, and data analysis. The wealth of data generated by this high throughput approach renders adequate database and analysis tools crucial for the pursuit of insights into the transcriptomic behavior of cells. MARS (Microarray Analysis and Retrieval System) provides a comprehensive MIAME supportive suite for storing, retrieving, and analyzing multi color microarray data. The system comprises a laboratory information management system (LIMS), a quality control management, as well as a sophisticated user management system. MARS is fully integrated into an analytical pipeline of microarray image analysis, normalization, gene expression clustering, and mapping of gene expression data onto biological pathways. The incorporation of ontologies and the use of MAGE-ML enables an export of studies stored in MARS to public repositories and other databases accepting these documents. We have developed an integrated system tailored to serve the specific needs of microarray based research projects using a unique fusion of Web based and standalone applications connected to the latest J2EE application server technology. The presented system is freely available for academic and non-profit institutions. More information can be found at .
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