RADtyping: an integrated package for accurate de novo codominant and dominant RAD genotyping in mapping populations.
RADtyping: an integrated package for accurate de novo codominant and dominant RAD genotyping in mapping populations.
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RADtyping：用于在人群作图中准确进行 De Novo 共显性和显性 RAD 基因分型的集成包
DOI：
10.1371/journal.pone.0079960
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Bao Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fu X;Dou J;Mao J;Su H;Jiao W;Zhang L;Hu X;Huang X;Wang S;Bao Z
遗传连锁图谱是遗传学、基因组学和育种学研究中不可缺少的工具。RAD-Seq（restriction-site associated DNA sequencing）作为测序基因分型的方法之一，在构建高密度连锁图谱方面特别流行。目前的RAD分析工具主要用于共显性标记的分型。然而，没有基因分型算法已开发的显性标记（识别位点中断）。考虑到它们在真核基因组中的丰度，显性标记的利用将大大减少大规模标记开发所需的广泛测序工作。在这项研究中，我们建立了，第一次，一个新的统计框架从头显性基因分型的定位人群。一个集成的软件包，称为RADtyping的开发，结合从头共显性和显性基因分型算法。我们证明了RAD分型在实现基于模拟和真实的映射数据集的非常高的基因分型准确性方面的卓越性能。RADtyping软件包可以在http://www2.ouc.edu.cn/mollusk/ detailen.asp？id=727。
Genetic linkage maps are indispensable tools in genetic, genomic and breeding studies. As one of genotyping-by-sequencing methods, RAD-Seq (restriction-site associated DNA sequencing) has gained particular popularity for construction of high-density linkage maps. Current RAD analytical tools are being predominantly used for typing codominant markers. However, no genotyping algorithm has been developed for dominant markers (resulting from recognition site disruption). Given their abundance in eukaryotic genomes, utilization of dominant markers would greatly diminish the extensive sequencing effort required for large-scale marker development. In this study, we established, for the first time, a novel statistical framework for de novo dominant genotyping in mapping populations. An integrated package called RADtyping was developed by incorporating both de novo codominant and dominant genotyping algorithms. We demonstrated the superb performance of RADtyping in achieving remarkably high genotyping accuracy based on simulated and real mapping datasets. The RADtyping package is freely available at http://www2.ouc.edu.cn/mollusk/ detailen.asp?id=727.
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