LncBook 2.0: integrating human long non-coding RNAs with multi-omics annotations.
LncBook 2.0: integrating human long non-coding RNAs with multi-omics annotations.
复制标题
LncBook 2.0：将人类长非编码RNA与多组学注释整合
DOI：
10.1093/nar/gkac999
复制
发表时间：
2023-01-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ma, Lina
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li, Zhao;Liu, Lin;Feng, Changrui;Qin, Yuxin;Xiao, Jingfa;Zhang, Zhang;Ma, Lina
摘要LncBook是人类长非编码RNA(LncRNAs)的综合资源，已被广泛应用于各种生物学背景下的LncRNA研究。在这里，我们介绍了LncBook 2.0(https://ngdc.cncb.ac.cn/lncbook)，)的重大更新和增强如下：(I)纳入了119 722个新转录本，9632个新基因，以及21 305个lncRNA的基因结构更新；(Ii)描述了40种脊椎动物中人类lncRNA基因的保守特征；(Iii)整合了lncRNA编码的小蛋白；(Iv)丰富了表达和DNA甲基化图谱，具有更多的生物背景；(V)鉴定了lncRNA-蛋白质相互作用并改进了对lncRNA-miRNA相互作用的预测。总的来说，LncBook 2.0包含了95 243个LncRNA基因和323 950个转录本的高质量集合，并包含了它们在不同组学水平上的丰富注释，从而使用户能够破译LncRNAs在不同生物背景下的功能意义。
Abstract LncBook, a comprehensive resource of human long non-coding RNAs (lncRNAs), has been used in a wide range of lncRNA studies across various biological contexts. Here, we present LncBook 2.0 (https://ngdc.cncb.ac.cn/lncbook), with significant updates and enhancements as follows: (i) incorporation of 119 722 new transcripts, 9632 new genes, and gene structure update of 21 305 lncRNAs; (ii) characterization of conservation features of human lncRNA genes across 40 vertebrates; (iii) integration of lncRNA-encoded small proteins; (iv) enrichment of expression and DNA methylation profiles with more biological contexts and (v) identification of lncRNA–protein interactions and improved prediction of lncRNA-miRNA interactions. Collectively, LncBook 2.0 accommodates a high-quality collection of 95 243 lncRNA genes and 323 950 transcripts and incorporates their abundant annotations at different omics levels, thereby enabling users to decipher functional significance of lncRNAs in different biological contexts.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Li Z;Liu L;Jiang S;Li Q;Feng C;Du Q;Zou D;Xiao J;Zhang Z;Ma L
通讯作者：
Ma L
影响因子：
7
作者：
Harrow J;Frankish A;Gonzalez JM;Tapanari E;Diekhans M;Kokocinski F;Aken BL;Barrell D;Zadissa A;Searle S;Barnes I;Bignell A;Boychenko V;Hunt T;Kay M;Mukherjee G;Rajan J;Despacio-Reyes G;Saunders G;Steward C;Harte R;Lin M;Howald C;Tanzer A;Derrien T;Chrast J;Walters N;Balasubramanian S;Pei B;Tress M;Rodriguez JM;Ezkurdia I;van Baren J;Brent M;Haussler D;Kellis M;Valencia A;Reymond A;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJ
通讯作者：
Hubbard TJ
影响因子：
14.9
作者：
Frankish A;Diekhans M;Ferreira AM;Johnson R;Jungreis I;Loveland J;Mudge JM;Sisu C;Wright J;Armstrong J;Barnes I;Berry A;Bignell A;Carbonell Sala S;Chrast J;Cunningham F;Di Domenico T;Donaldson S;Fiddes IT;García Girón C;Gonzalez JM;Grego T;Hardy M;Hourlier T;Hunt T;Izuogu OG;Lagarde J;Martin FJ;Martínez L;Mohanan S;Muir P;Navarro FCP;Parker A;Pei B;Pozo F;Ruffier M;Schmitt BM;Stapleton E;Suner MM;Sycheva I;Uszczynska-Ratajczak B;Xu J;Yates A;Zerbino D;Zhang Y;Aken B;Choudhary JS;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJP;Kellis M;Paten B;Reymond A;Tress ML;Flicek P
通讯作者：
Flicek P
影响因子：
14.9
作者：
Buniello, Annalisa;MacArthur, Jacqueline A. L.;Parkinson, Helen
通讯作者：
Parkinson, Helen
影响因子：
14.9
作者：
Jiang, Shuai;Cheng, Si-Jin;Gao, Ge
通讯作者：
Gao, Ge