Prediction of enzyme function by combining sequence similarity and protein interactions.
Prediction of enzyme function by combining sequence similarity and protein interactions.
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DOI：
10.1186/1471-2105-9-249
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发表时间：
2008-05-27
影响因子：
3
通讯作者：
Oliva B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Espadaler J;Eswar N;Querol E;Avilés FX;Sali A;Marti-Renom MA;Oliva B
许多研究仅使用蛋白质相互作用数据来预测蛋白质功能。在这里，我们介绍了一种用于酶注释的计算方法，基于观察到相似的蛋白质序列如果具有相似的相互作用伙伴，则更有可能执行相同的功能。该方法已经用一组3890个蛋白序列进行了PSI-BLAST程序测试，从中可以获得相互作用数据。对于与已知酶至少有40%序列一致性的蛋白质序列，与PSI-BLAST相比，我们的方法预测前三个EC数字的特异性从80%增加到90%，覆盖率为80%。我们的方法也可以用于具有已知相互作用伙伴的同源序列可以检测到的蛋白质。因此，我们的方法可以单独使用PSI-BLAST基于序列匹配的全基因组酶预测的特异性提高10%。
A number of studies have used protein interaction data alone for protein function prediction. Here, we introduce a computational approach for annotation of enzymes, based on the observation that similar protein sequences are more likely to perform the same function if they share similar interacting partners. The method has been tested against the PSI-BLAST program using a set of 3,890 protein sequences from which interaction data was available. For protein sequences that align with at least 40% sequence identity to a known enzyme, the specificity of our method in predicting the first three EC digits increased from 80% to 90% at 80% coverage when compared to PSI-BLAST. Our method can also be used in proteins for which homologous sequences with known interacting partners can be detected. Thus, our method could increase 10% the specificity of genome-wide enzyme predictions based on sequence matching by PSI-BLAST alone.
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影响因子：
46.9
作者：
Vazquez, A;Flammini, A;Vespignani, A
通讯作者：
Vespignani, A
影响因子：
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作者：
McDermott, J;Bumgarner, R;Samudrala, R
通讯作者：
Samudrala, R
影响因子：
6.8
作者：
Valencia, A;Pazos, F
通讯作者：
Pazos, F
影响因子：
5.8
作者：
Okada, K;Kanaya, S;Asai, K
通讯作者：
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DOI：
10.1073/pnas.2132527100
发表时间：
2003-10-28
影响因子：
11.1
作者：
Samanta, MP;Liang, S
通讯作者：
Liang, S