Transcriptome-wide regulation of pre-mRNA splicing and mRNA localization by muscleblind proteins.
Transcriptome-wide regulation of pre-mRNA splicing and mRNA localization by muscleblind proteins.
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DOI：
10.1016/j.cell.2012.06.041
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发表时间：
2012-08-17
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Burge CB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang ET;Cody NA;Jog S;Biancolella M;Wang TT;Treacy DJ;Luo S;Schroth GP;Housman DE;Reddy S;Lécuyer E;Burge CB
RNA结合蛋白的肌盲样（Mbnl）家族在肌肉和眼睛发育以及强直性肌营养不良（DM）中起重要作用，其中扩增的CUG或CCUG重复序列在功能上耗尽Mbnl蛋白。我们使用RNA-Seq和CLIP-Seq方法鉴定了Mbnl蛋白在脑、心脏、肌肉和成肌细胞中的转录组范围的功能和生物物理靶标。该分析鉴定了数百个剪接事件，其调节依赖于Mbnl功能，其模式指示Mbnll和Mbnl 2之间的功能可互换性。核苷酸分辨率RNA图谱分别将外显子剪接的抑制或激活与3'剪接位点附近或下游5'剪接位点附近的Mbnl结合相关联。亚细胞区室的转录组学分析揭示了Mbnl在调节小鼠和果蝇细胞中mRNA定位中的全局作用，并且对于具有Mbnl依赖性定位的mRNA子集观察到Mbnl依赖性翻译和蛋白质分泌。这些发现为DM发病机制提供了一些新的启示。
The Muscleblind-like (Mbnl) family of RNA binding proteins plays important roles in muscle and eye development and in Myotonic Dystrophy (DM), where expanded CUG or CCUG repeats functionally deplete Mbnl proteins. We identified transcriptome-wide functional and biophysical targets of Mbnl proteins in brain, heart, muscle, and myoblasts using RNA-Seq and CLIP-Seq approaches. This analysis identified several hundred splicing events whose regulation depended on Mbnl function, in a pattern indicating functional interchangeability between Mbnl1 and Mbnl2. A nucleotide resolution RNA map associated repression or activation of exon splicing with Mbnl binding near either 3' splice site or near the downstream 5' splice site, respectively. Transcriptomic analysis of sub-cellular compartments uncovered a global role for Mbnls in regulating localization of mRNAs in both mouse and Drosophila cells, and Mbnl-dependent translation and protein secretion was observed for a subset of mRNAs with Mbnl-dependent localization. These findings hold several new implications for DM pathogenesis.
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影响因子：
64.5
作者：
Cooper TA;Wan L;Dreyfuss G
通讯作者：
Dreyfuss G
DOI：
10.1007/978-1-61779-005-8_19
发表时间：
2011
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Jagannathan, Sujatha;Nwosu, Christine;Nicchitta, Christopher V
通讯作者：
Nicchitta, Christopher V
影响因子：
2.7
作者：
Artero, R;Prokop, A;Baylies, MK
通讯作者：
Baylies, MK
DOI：
10.1073/pnas.110149597
发表时间：
2000-06-06
影响因子：
11.1
作者：
Clemens, JC;Worby, CA;Dixon, JE
通讯作者：
Dixon, JE
影响因子：
1.2
作者：
Kanadia, RN;Urbinati, CR;Swanson, MS
通讯作者：
Swanson, MS