MEME SUITE: tools for motif discovery and searching.
MEME SUITE: tools for motif discovery and searching.
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模因套件：用于发现和搜索的工具。
DOI：
10.1093/nar/gkp335
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发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Noble WS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bailey TL;Boden M;Buske FA;Frith M;Grant CE;Clementi L;Ren J;Li WW;Noble WS
MEME Suite Web服务器提供了一个统一的门户网站，用于在线发现和分析代表DNA结合位点和蛋白质相互作用结构域等特征的序列基序。流行的MEME基序发现算法现在由GLAM 2算法补充，该算法允许发现含有缺口的基序。三种序列扫描算法-MAST，FIMO和GLAM 2SCAN-允许扫描众多的DNA和蛋白质序列数据库，以寻找MEME和GLAM 2发现的基序。转录因子基序（包括那些使用MEME发现的）可以使用基序数据库扫描算法Tomtom与许多流行的基序数据库中的基序进行比较。转录因子基序可以通过使用基序-GO术语关联工具GOMO与基因本体（GO）术语关联来进一步分析推定的功能。MEME输出现在包含每个发现的基序的序列LOGOS，以及允许基序方便地提交到序列和基序数据库扫描算法（MAST，FIMO和Tomtom）或GOMO的按钮，以进行进一步分析。GLAM 2输出同样包含使用GLAM 2SCAN进行进一步分析和使用不同参数重新运行GLAM 2的按钮。所有基于motifs的工具现在都通过Opal实现为Web服务。源代码、二进制文件和Web服务器可在http://meme.nbcr.net上免费获得，用于非商业用途。
The MEME Suite web server provides a unified portal for online discovery and analysis of sequence motifs representing features such as DNA binding sites and protein interaction domains. The popular MEME motif discovery algorithm is now complemented by the GLAM2 algorithm which allows discovery of motifs containing gaps. Three sequence scanning algorithms—MAST, FIMO and GLAM2SCAN—allow scanning numerous DNA and protein sequence databases for motifs discovered by MEME and GLAM2. Transcription factor motifs (including those discovered using MEME) can be compared with motifs in many popular motif databases using the motif database scanning algorithm Tomtom. Transcription factor motifs can be further analyzed for putative function by association with Gene Ontology (GO) terms using the motif-GO term association tool GOMO. MEME output now contains sequence LOGOS for each discovered motif, as well as buttons to allow motifs to be conveniently submitted to the sequence and motif database scanning algorithms (MAST, FIMO and Tomtom), or to GOMO, for further analysis. GLAM2 output similarly contains buttons for further analysis using GLAM2SCAN and for rerunning GLAM2 with different parameters. All of the motif-based tools are now implemented as web services via Opal. Source code, binaries and a web server are freely available for noncommercial use at http://meme.nbcr.net.
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发现具有任意插入和删除的序列基序。
影响因子：
4.3
作者：
Frith, Martin C.;Saunders, Neil F. W.;Kobe, Bostjan;Bailey, Timothy L.
通讯作者：
Bailey, Timothy L.
DOI：
10.1111/1467-9868.00346
发表时间：
2002-01-01
影响因子：
5.8
作者：
Storey, JD
通讯作者：
Storey, JD
影响因子：
3
作者：
Marcus, Daniel S.;Olsen, Timothy R.;Buckner, Randy L.
通讯作者：
Buckner, Randy L.
DOI：
10.1073/pnas.0504609102
发表时间：
2005-09-06
影响因子：
11.1
作者：
Storey, JD;Xiao, WZ;Davis, RW
通讯作者：
Davis, RW
影响因子：
5.7
作者：
Sanner, MF
通讯作者：
Sanner, MF