EasyFRAP-web: a web-based tool for the analysis of fluorescence recovery after photobleaching data.
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DOI：
10.1093/nar/gky508
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发表时间：
2018-07-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lygerou Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Koulouras G;Panagopoulos A;Rapsomaniki MA;Giakoumakis NN;Taraviras S;Lygerou Z
了解蛋白质动力学对于阐明蛋白质功能和相互作用至关重要。现代显微镜的进步促进了活细胞内荧光标记蛋白质的流动性的探索。光漂白后荧光恢复（FRAP）是一种越来越受欢迎的功能性活细胞成像技术，它可以在单细胞水平上研究蛋白质的动态特性。随着越来越多的实验室生成FRAP数据集，需要快速，交互式和用户友好的应用程序来分析结果数据。在这里，我们提出了easyFRAP网络，一个Web应用程序，简化了定性和定量分析的FRAP数据集。EasyFRAP-web允许通过直观的Web界面快速分析FRAP数据集，并提供相互关联的分析步骤（实验数据评估、不同类型的标准化和曲线导出的定量参数估计）。此外，easyFRAP-web提供动态和交互式的数据可视化和数据和图形导出，以便在每个步骤之后进行进一步分析。我们通过分析FRAP数据集来测试easyFRAP网络，该数据集捕获了在培养细胞中存在和不存在DNA损伤的情况下细胞周期调节剂Cdt 2的迁移率。我们表明，easyFRAP网络产生的结果与以前的研究一致，并强调细胞间的异质性估计的动力学参数。EasyFRAP-web独立于平台，可通过https://easyfrap.vmnet.upatras.gr/免费访问。
Understanding protein dynamics is crucial in order to elucidate protein function and interactions. Advances in modern microscopy facilitate the exploration of the mobility of fluorescently tagged proteins within living cells. Fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) is an increasingly popular functional live-cell imaging technique which enables the study of the dynamic properties of proteins at a single-cell level. As an increasing number of labs generate FRAP datasets, there is a need for fast, interactive and user-friendly applications that analyze the resulting data. Here we present easyFRAP-web, a web application that simplifies the qualitative and quantitative analysis of FRAP datasets. EasyFRAP-web permits quick analysis of FRAP datasets through an intuitive web interface with interconnected analysis steps (experimental data assessment, different types of normalization and estimation of curve-derived quantitative parameters). In addition, easyFRAP-web provides dynamic and interactive data visualization and data and figure export for further analysis after every step. We test easyFRAP-web by analyzing FRAP datasets capturing the mobility of the cell cycle regulator Cdt2 in the presence and absence of DNA damage in cultured cells. We show that easyFRAP-web yields results consistent with previous studies and highlights cell-to-cell heterogeneity in the estimated kinetic parameters. EasyFRAP-web is platform-independent and is freely accessible at: https://easyfrap.vmnet.upatras.gr/.
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