Strukturanalyse, Strukturvorhersage und Simulation der Faltung, Missfaltung und Aggregation von Proteinen

Ziel des Projektes ist es die Stabilität and die mechanmen der Faltung eines in seine native strucktur and in die konkurrierenden partiell aufgefalteten, fehlgefalteten and aggregierten b- faltblattstruckturen zu untersuchen[1,2]。(1)计算机模拟中的蛋白质sollen (en unter verschiedenen Bedingungen aufgefaltetewerden), um so den Kondensationskeim des faltungsproesses (r die Faltung in die native wie auch die fehlgefaltete amyloide Struktur zu bestimmen)[3,4]。(2) Die Stabilität nativer und fehlgefalteter proteinkturen soll fr geeignete modelsystem, Die experimentelle Daten and mutantten bekante sind [5,6], untersucht werden, Die elektrostatischen Energien der nativen und der aufgefalteen proteinkturen mit den entsprechendProtonierungszuständen der titrierbaren Residuen durch Lösen der Poisson-Boltzmann Gleichung [7,8] berechnet werden。(3) Mit hilife einer empirischen aus der Proteindatenbank (PDB)，能量函数分析，蛋白质线程和损伤分析，以及蛋白质序列分析[9,10]。(4) Mit Monte Carlo (MC) Simulationen verefachter Proteinmodelle and einer gegener; (3) erweiterten empirischen energiefunkchen soll der Faltungsprozess von Proteinen simuliert werden[11 - 14]。(5)基础模型、实验模型、结构模型、结构模型、淀粉样纤维[15-17]、结构模型、分子模型、原子模型、细节模型、结构模型、动力学模型、结构模型、动力学模型、动力学模型等。Zusätzlich soll der Übergang von der monoomeren in die aggregate structuer simulation [j]。

Ziel des Projektes ist es die Stabilität und die Mechanismen der Faltung eines Proteins in seine native Struktur und in die konkurrierenden partiell aufgefalteten, fehlgefalteten und aggregierten b-Faltblattstrukturen zu untersuchen [1, 2]. Im einzelnen werden folgende Fragestellungen behandelt: (1) Proteine sollen in Computersimulationen unter verschiedenen Bedingungen aufgefaltet werden, um so den Kondensationskeim des Faltungsprozesses für die Faltung in die native wie auch die fehlgefaltete amyloide Struktur zu bestimmen [3, 4]. (2) Die Stabilität nativer und fehlgefalteter Proteinstrukturen soll für geeignete Modellsysteme, für die experimentelle Daten an Mutanten bekannt sind [5, 6], untersucht werden, indem die elektrostatischen Energien der nativen und der aufgefalteten Proteinstrukturen mit den entsprechenden Protonierungszuständen der titrierbaren Residuen durch Lösen der Poisson-Boltzmann Gleichung [7, 8] berechnet werden. (3) Mit Hilfe einer empirischen aus der Proteindatenbank (PDB) hergeleiteten Energiefunktion soll Protein-threading und damit Analyse und Vorhersage dreidimensionaler Proteinstrukturen durchgeführt werden [9, 10]. (4) Mit Monte Carlo (MC) Simulationen vereinfachter Proteinmodelle und einer gegenüber (3) erweiterten empirischen Energiefunktion soll der Faltungsprozess von Proteinen simuliert werden [11 - 14]. (5) Auf der Basis bekannter, experimentell bestimmter Strukturmodelle der durch Fehlfalten entstehenden Amyloidfibrillen [15-17] sollen die Koordinaten eines molekularen Modells im atomaren Detail generiert werden und dessen Stabilität und Strukturfluktuationen mit Hilfe konventioneller Simulation molekularer Dynamik (MD) unter verschiedenen äußeren Bedingungen getestet werden. Zusätzlich soll der Übergang von der monomeren in die aggregierte Struktur simuliert werden.