Strukturvorhersage von Proteinkomplexen unter Verwendung weniger experimenteller Daten.

使用有限的实验数据预测蛋白质复合物的结构。

• 批准号: 18017419
• 负责人: Professor Dr. Gunnar Schröder
• 金额: --
• 依托单位: Department of Structural Biology
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Fellowships
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2004-12-31 至 2007-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/18017419?language=en
• 关键词: Strukturvorhersage; von; Proteinkomplexen; unter; Verwendung

Das beantragte Projekt zielt auf eine schnelle Strukturvorhersage von Proteinkomplexen unter Verwendung weniger, leicht zugänglicher experimenteller Daten aus NMR Experimenten wie residual dipolar couplings (RDC) und saturation-transfer (SAT). RDC Daten geben Aufschluss über die relative Orientierung von Bindungsvektoren und liefern somit sowohl intra- als auch intermolekulare Informationen. SAT Daten hingegen ergeben, welche Aminosäuren sich in der Bindungsregion zwischen zwei Proteinen befinden und bedingen somit eine wertvolle Einschränkung möglicher Topologien der Proteinstrukturen. Im Gegensatz zu dem hier vorgeschlagenen Projekt besteht der herkömmliche Weg zur Strukturvorhersage von Proteinkomplexen aus zwei unabhängigen Schritten. Zuerst werden die Strukturen der einzelnen Monomere bestimmt und in einem zweiten Schritt wird die relative Orientierung und Translation der Monomere im Komplex durch eine Docking- Prozedur vorhergesagt. Dieser heuristische Ansatz hat allerdings Nachteile, denn zum einen kann die Struktur der isolierten Monomere erheblich von der im Komplex abweichen und zum anderen liefert die Bindungsfläche zwischen den Monomeren für die Strukturvorhersage wichtige strukturelle Informationen, die in der herkömmlichen Methode nicht berücksichtigt werden. In dem beantragten Projekt sollen diese Nachteile überwunden werden, indem die Struktur des Proteinkomplexes in einem Schritt bestimmt wird. Auf diese Weise können die verfügbaren experimentellen Daten optimal ausgenutzt werden. Wir werden dabei in drei Schritten vorgehen. Zuerst wird die Methode entwickelt und implementiert. Dann testen wir die Güte der Methode an dem etablierten Proteinkomplex-Benchmark von Chen et. al. Im dritten Schritt soll die Struktur des Synaptotagmin/ SNARE Komplexes bestimmt werden, für den die verfügbaren Daten mit den bisherigen Methoden nicht zur Strukturbestimmung ausreichen. Die Wechselwirkung zwischen dem SNARE Komplex, der eine entscheidende Rolle bei der synaptischen Membranfusion spielt, mit Synaptotagmin ist vermutlich entscheidend für die Steuerung der Kalziumabhängigkeit der synaptischen Signalübertragung.

该项目旨在通过残余偶极耦合 (RDC) 和饱和转移 (SAT) 进行 NMR 实验。 RDC 数据是关于绑定矢量和方向的相关信息，并提供内部和分子间信息。 SAT 日期是指蛋白质结构中的蛋白质结构和拓扑结构中的氨基酸。 Im Gegensatz zu dem hier vorgeschlagenen Projekt der herkömmliche Weg zur Strukturvorhersage von Proteinkomplexen aus zwei unabhängigen Schritten.最理想的单体结构和在两个施里特中的相对定位和翻译是在对接过程中的复杂单体中进行的。 Dieser heuristische Ansatz hat allerdings Nachteile, denn zum einen kann die Struktur der isolierten Monomere erheblich von der im Komplex abweichen und zum anderen liefert die Bindungsfläche zwischen den Monomeren für die Strukturvorhersage wichtige strukturelle Informationen, die in der Herkömmlichen Methode nicht berücksichtigt werden。在 dem beantragten Projekt sollen diese Nachteile überwunden werden 中，indem die Struktur des Proteinkoplexes in einem Schritt bestimmt wird。我们可以通过实验来确定最佳的实验结果。 Wir werden dabei in drei Schritten vorgehen。最重要的是方法的实施和实施。 Dann testen wir die Güte der Methode and dem etablierten Proteinkomplex-Benchmark von Chen 等人。等人。我所写的是 Synaptotagmin/ SNARE Komplexes Struktur des Synaptotagmin/ SNARE Komplexes bestimmt werden，für den die verfügbaren Daten mit den den zur Strukturbestimmung ausreichen。 SNARE Komplex 中的 Wechselwischen 组合，是在突触膜融合过程中滚动的，它是突触信号控制的关键部分。