Development of Enhanced GRAPE library for Quasi general-purpose Computer
Development of Enhanced GRAPE library for Quasi general-purpose Computer
准通用计算机增强型GRAPE库的开发
批准号：
20700031
负责人：
NARUMI Tetsu
金额：
$2.75万
依托单位：
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2008
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2008 至 2009
中文摘要
翻译
我将MDGRAPE专用机上的程序库扩展到准通用机（PLAYSTATION 3和GPU）上，用涡方法模拟分子动力学和湍流。首先，新的MR 3库，这是MDGRAPE-3的库程序，支持PS3和GPU。其次，并行PS3进一步加速了大量粒子的MD模拟。第三，并行GPU进一步加速了涡方法的湍流模拟。
英文摘要
I have extended a library program from MDGRAPE special-purpose computer to quasi general-purpose computer (PLAYSTATION 3 and GPU) for molecular dynamics and turbulence simulations with vortex method. First, new MR3 library, which is the library program for MDGRAPE-3, has supported PS3 and GPU. Second, Parallel PS3s further accelerated MD simulations for large number of particles. Third, parallel GPUs further accelerated turbulence simulations with the vortex method.
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DOI：
10.1145/1654059.1654123
发表时间：
2009-11
期刊：
Proceedings of the Conference on High Performance Computing Networking, Storage and Analysis
影响因子：
--
作者：
[T. Hamada;T. Narumi;Rio Yokota;K. Yasuoka;Keigo Nitadori;M. Taiji]
通讯作者：
T. Hamada;T. Narumi;Rio Yokota;K. Yasuoka;Keigo Nitadori;M. Taiji
DOI：
10.1371/journal.pcbi.1000528
发表时间：
2009-10
期刊：
PLoS computational biology
影响因子：
4.3
作者：
[Okimoto N, Futatsugi N, Fuji H, Suenaga A, Morimoto G, Yanai R, Ohno Y, Narumi T, Taiji M]
通讯作者：
Taiji M
Siegfried Hofinger: Current Performance Gains from Utilizing the GPU or the ASIC MDGRAPE-3 within an Enhanced Poisson Boltzmann Approach
Siegfried Hofinger：在增强型泊松玻尔兹曼方法中使用 GPU 或 ASIC MDGRAPE-3 带来的当前性能提升
Siegfried Hofinger：在增强型泊松玻尔兹曼方法中使用 GPU 或 ASIC MDGRAPE-3 带来的当前性能提升
DOI：
--
发表时间：
2009
期刊：
Journal of Computational Chemistry vol.30
影响因子：
--
作者：
[Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, Makoto Taiji]
通讯作者：
Makoto Taiji
Cell Size Dependence of Orientational Order of Uniaxial Liquid
单轴液体取向顺序的泡孔尺寸依赖性
单轴液体取向顺序的泡孔尺寸依赖性
DOI：
--
发表时间：
2008
期刊：
Molecular Simulation vol.34
影响因子：
--
作者：
[Toshiki Mima, Tetsu Narumi, Shun Mameoka, Kenji Yasuoka]
通讯作者：
Kenji Yasuoka
High-Performance Quasi Double-Precision Method using Single-Pr ecision Hardware for Molecular Dynamics Simulations with GPUs
使用单精度硬件进行 GPU 分子动力学模拟的高性能准双精度方法
使用单精度硬件进行 GPU 分子动力学模拟的高性能准双精度方法
DOI：
--
发表时间：
2009
期刊：
Proceedings of HPC Asia 2009, Kaohsiung, Taiwan
影响因子：
--
作者：
[Tetsu Narumi, Tsuyoshi Hamada, Keigo Nitadori, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, Kenji Yasuoka]
通讯作者：
Kenji Yasuoka
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