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PME & LES MOLECULAR DYNAMICS FOR STUDY OF SEQUENCE SPECIFIC DNA & RNA STRUCTURE

PME & LES MOLECULAR DYNAMICS FOR STUDY OF SEQUENCE SPECIFIC DNA & RNA STRUCTURE
PME
批准号：
6347861
负责人：
DAVID E KONERDING
金额：
$3.95万
依托单位：
UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN FRANCISCO
依托单位国家：
美国
项目类别：
财政年份：
2000
资助国家：
美国
项目状态：
已结题
起止时间：
2000-07-01 至 2001-06-30
来源：
https://reporter.nih.gov/project-details/6347861
关键词：
biomedical resource computers informatics model design /development technology /technique

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
我们正在使用粒子网格Ewald应用琥珀力场 静电(PME)处理与局部强化采样 预测DNA和RNA序列特异性结构的(LES)方法 双面的。从无约束分子动力学中获得的结果是 与使用核磁共振数据生成的结构进行比较。这台电脑 图形学实验室的设施对可视化很有帮助 结果的结果。
英文摘要
We are applying the AMBER force field with Particle Mesh Ewald (PME) treatment of electrostatics and the Locally Enhanced Sampling (LES) method to predict the sequence specific structure of DNA and RNA duplexes. Results obtained from unrestrained molecular dynamics are compared against structures generated using NMR data. The Computer Graphics Laboratory facilities are instrumental to the visualization of the results.
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